1992年，铁道部开始建立现代企业制度试点。

1998年后，工程、建筑、工业、物资、通信五大总公司逐渐与铁道部实行结构式分离。

2013年3月10日，根据第十二届全国人民代表大会第一次会议审议的《国务院关于提请审议国务院机构改革和职能转变方案》的议案，铁道部实行铁路政企分开。国务院将铁道部拟定铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部；组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责；组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责；不再保留铁道部。

2013年3月17日早上7时许，“中国铁路总公司”的牌子在北京市西长安街复兴路10号悄然换上，原铁道部牌匾被撤下。

（一）拟定铁路行业发展战略、方针、政策和法规；制定国家铁路统一的规章制度并监督执行。

（二）拟定铁路行业的发展规划，编制国家铁路各项年度计划并组织指导实施；组织编制合资铁路、地方铁路建设有关计划。负责铁路行业统计、信息工作。

（三）负责铁路建设的行业管理。组织管理大中型铁路建设项目的有关工作。

（四）拟定铁路行业技术政策、标准和管理法规。负责铁路技术监督，组织重大新技术、新产品的研究和成果鉴定；组织引进国外先进技术。

（五）贯彻国家经济体制改革的方针，提出国家铁路管理体制改革方案，推动和指导国家铁路企业深化改革。

（六）负责国家铁路财务工作。安排使用全路建设基金和资金；研究提出国家铁路运价意见，经批准后制定具体实施方案并监督执行；协调铁路工业产品价格；管理国家铁路事业经费。

（七）培育和规范铁路运输市场，统一管理全国铁路调度指挥工作；负责国家铁路运输的宏观管理。监督、检查国家铁路安全生产和路风建设；组织管理国家铁路战备工作。

（八）负责国家铁路人事、高等和中等技术及职工教育、机构编制、劳动工资、环保、节能、卫生防疫方面的管理工作。

（九）管理国家铁路外事和对外经济合作交流工作。

（十）管理铁路治安保卫工作。

（十一）负责铁路专运、特运工作。

（十二）负责国家铁路系统党的建设和思想政治工作，管理职工队伍建设。

（十三）承办国务院交办的其他事项。

（一）办公厅

综合协调部机关工作。组织起草重要文件、报告；负责文秘、信息、保密、信访、值班、新闻发布、机关行政事务管理工作；归口管理档案工作。

（二）政策法规司

组织拟定铁路综合性的经济政策和铁路行业法规；研究并组织指导铁路经济体制改革工作；依法办理行政复议工作。

（三）发展计划司

编制铁路中长期发展规划和年度建设计划；办理大中型建设项目审定的有关工作；组织编制合资铁路、地方铁路建设计划的有关工作；管理国家铁路战备、节能、环保工作；归口管理利用外资工作。

（四）财务司

组织财会监督，维护国家投入铁路资本的权益；拟定国家铁路运输收入清算规章；负责铁路建设基金、资金和铁路价格的管理工作；管理国家铁路事业经费。

（五）科技教育司

编制铁路科技、教育发展规划和计划。拟定技术政策、标准和管理规章；负责铁路技术监督工作；组织重大科研项目攻关、科技合作交流、技术引进工作；管理部属高等院校，指导国家铁路职业教育工作。

（六）人事司

管理部属单位领导干部和部机关国家公务员；负责国家铁路人事工作；向合资铁路推荐代表国家铁路的经营者人选。

（七）劳动和卫生司

负责国家铁路劳动工资宏观调控，编制工资总额计划；综合管理劳动工资、机构编制和卫生防疫工作；指导国家铁路的再就业工作。

（八）建设管理司

拟定铁路工程建设的标准、规范、规章；管理铁路工程建设项目设计鉴定；管理铁路建设、设计、施工和监理单位的资质审查；协调、监督大中型铁路项目建设并组织竣工验收。

（九）国际合作司

负责铁路外事工作，管理国家铁路对外经济合作交流工作。

（十）安全监察司

拟定铁路行车安全法规、制度并进行监督检查；管理劳动安全、锅炉压力容器安全和劳动保护工作；参与和组织重大事故的调查处理。

（十一）运输局

拟定铁路运输政策、法规和规章；培育和规范铁路运输市场；统一管理全国铁路运输调度指挥工作；负责国家铁路运输的宏观管理。

（十二）公安局

管理铁路治安保卫工作；组织管理专运、特运的安全警卫；指导铁路治安综合治理。公安局由铁道部、公安部双重领导，业务工作以公安部为主。

机关党委。负责部机关及在京直属单位的党群工作。

截至2013年3月，中华人民共和国铁道部直属的铁路局和铁路公司共有18个：哈尔滨铁路局、沈阳铁路局、北京铁路局、太原铁路局、呼和浩特铁路局、郑州铁路局、武汉铁路局、西安铁路局、济南铁路局、上海铁路局、南昌铁路局、广州铁路（集团）公司、南宁铁路局、成都铁路局、昆明铁路局、兰州铁路局、乌鲁木齐铁路局、青藏铁路公司。