六本木的名字，顾名思义代表六棵树木，传说是由于江户时代，六个姓氏汉字皆有“木”字的家族在此建有房屋居住，分别为青木氏、一柳氏、上杉氏、片桐氏、朽木氏及高木氏。

六本木一带原本设有军事设施，第二次世界大战日本投降后，设施被美军接收，此后附近逐渐开设了为外国人而设的商店与饮食店。其后附近又开设了多间电视台，如朝日电视台、东京电视台等，加上外国使馆的设置，六本木遂演变成酒吧、夜总会等夜店林立的繁华地区。

1960年代后半期开始，以外国人与较富裕的日本人为对象的迪斯科舞厅开始在六本木开业，吸引不少外国人、艺能人与传媒工作者在此消遣。1980年代后期，泡沫经济高峰时期，迪斯科数目有数十家之多，但其后经济泡沫爆破，部分迪斯科结业。近年来，由于特种行业的聚集，六本木一带的治安亦逐渐变坏。