1929年初，任文化党团的文艺组组长，后为“文委”委员；10月，受“文委”委派，与冯雪峰、钱杏邨等筹组中国左翼作家联盟，经征询鲁迅意见，确定以鲁迅为首的筹委会12个基构成员。同时，与郑伯奇、沈端先等成立了中共领导的艺术剧社，任剧社文学部部长，开办戏剧讲习班。

1930年2月，与筹委会其他基本成员召开“上海新文学运动者的讨论会”，起草左联《理论纲领》；3月2日，中国左翼作家联盟在上海正式成立，被选为常务委员；会后任“左联”第一任党团书记兼宣传部部长。4月，出版主编的《文艺讲座》第一册，介绍马列主义文艺理论，评述无产阶级革命文学运动。此后主持了“左联”第一、二次全体大会。

1931年春，李伟霖、柔石、胡也频、冯铿和殷夫5位“左联”成员被国民党反动当局逮捕杀害后，接任文委书记兼“文总”书记；3月，中共中央《红旗周报》遭严重破坏，被调去从事恢复工作，负责技术编辑。

1932年3月奉组织命以女婿身份往湖北省政府委员兼建设厅长李书城属下任事，利用李的社会关系，化名隐蔽下来，以国家保卫局成员身份，做情报工作。

“卢沟桥事变”爆发后，开始发表诗文，重新为战斗生活歌唱，与孔罗孙等创办《战斗》旬刊，又任《战斗画报》周刊前7期文字编辑，宣传抗日；12月，组织武汉文化界抗敌工作团，任出版组组长；年底，转到长江局及八路军驻武汉办事处工作。

1938年1月开始，参与筹组中华全国文艺界抗敌协会，任筹备委员，负责起草《中华全国文艺界抗敌协会简章》，“文协”正式成立后，被推为理事；4月1日，国民党军事委员会政治部第三厅在武汉成立，郭沫若任厅长，冯乃超任第七处第三科科长；主管对敌（日）宣传和协助日人鹿地亘的反战同盟工作。10月21日，随三厅撤往桂林。

1939年1月在《救亡日报》撰社论批判汪精卫叛国投敌行径；5月5日，赴重庆负责三厅郊外办公室日常工作；三厅被撤后任文化工作委员会党内书记、敌情研究组组长，继续进行合法斗争。

“皖南事变”发生后，与徐冰组织人员疏散，并直接领导孩子剧团；3月，被选为“文协”第三届在渝理事。

1942年前后，任中共南方局宣传部“文委”委员，多次组织文艺界学习毛泽东《在延安文艺座谈会上的讲话》，批判错误的文艺观点；5月，被选为“文协”组织组副主任。

抗战胜利后不久，参与中共参加政治协商会议代表团的工作并任顾问。

1946年1月，任中共南方局统战委员会文化组副组长，参加中共代表团与国民党进行和平谈判；5月，离渝赴中共代表团上海办事处工作，任上海“工委”委员、“文委”书记；6月间，与郭沫若赴南京参加促进国共和平谈判的工作；10月底，离沪赴香港，任香港华南分局“工委”委员，与邵荃麟等负责审查在港文化界部分党员的政历，解决组织关系。

1947年初，任香港华南分局“工委”领导的“文委”委员，后接任书记，主管香港的文化工作。

1948年5月被选为全国“文协”港澳分会理事。

1949年3月，率200多名文化界人士离香港赴北平后，即在中共中央组织部组织处工作，被选为全国文学艺术工作者代表大会筹备委员会委员；4月，任华北人民政府高等教育委员会委员；7月，以南方代表第一团副团长身份，出席全国文学艺术工作者代表大会，任党组代表成员、代表资格审查委员会主任，会上被选为中华全国文学艺术工作者联合会理事兼联络部副部长；9月，以华南军区代表团代表资格出席中国人民政治协商会议第一届全体会议。

中华人民共和国成立后任中央人民政府政务院文化教育委员会副秘书长兼人事处处长，又任中共中央宣传部干部处处长、中央纪律检查委员会委员、中央直属机关党委、文教党委书记。

1950年11月至12月间，赴华沙参加第二届世界和平大会，任我国代表团副秘书长。

1951年2月中山大学院系调整筹备委员会副主任委员、中共中山大学党组书记、中共广东省委高等学校委员会中山大学分会书记、中共中山大学委员会第一书记、中共广东省委高等学校委员会第一书记、政协全国委员会委员及广东省委员会副主席，其间，曾任访日科学代表团秘书长，被选为第一届全国“人大”代表，中共“八大”代表等。“文化大革命”受到冲击和批斗，数年后始获“解放”。

1972年6月，任中山大学革命委员会副主任。

1975年4月底，赴京养病；10月初，任北京图书馆顾问，多次接待鲁迅著作注释组和现代文学研究者的访问，并修订、撰写回忆录。

1983年9月9日在北京病逝。

1927年底，冯乃超和朱镜我、李初梨、彭康、李铁声等同时回到上海，加入创造社，成为后期创造社的生力军。1928年1月，与成仿吾等创办《文化批判》杂志，倡导无产阶级革命文学。同年加入中国共产党。1929年秋，与郑伯奇、沈端先（夏衍）等创办“艺术剧社”，开展左翼戏剧活动。同年10月，受党组织委派，参加中国左翼作家联盟的筹备组织工作，与冯雪峰、沈端先多次拜访鲁迅，共商有关问题。

1930年2月16日，和鲁迅、柔石、冯雪峰、沈端先、华汉（阳翰笙）等12人举行“新文学运动者的讨论会”，总结两年来革命文学运动的经验教训，确定今后方针任务，会上，他和冯雪峰被委以起草《左联理论纲领》的重任。同年3月2日，出席中国左翼作家联盟成立大会，会上，他和郑伯奇报告筹备经过，并宣读《左联理论纲领》（附行动纲领）获一致通过。被选为执行委员，并担任第一任党团书记。同年4月10日，他主编的左联机关刊《文艺讲座》第1册出版。4月11日，小型文艺刊物《巴尔底山》创刊，为基本作者之一，在创刊号上发表杂文《广大的贫民》，指出：“几千百万贫民，是一种非常大的力量。”4月29日，主持第一次左联盟员大会，并作报告，动员纪念五一国际劳动节。5月1日，《五一特刊》出版，在此刊发表《今年的五一》一文，提出争取实行“七小时劳动制”的口号。6月1日，《新地月刊》出版，发表《中国无产阶级文学运动及左联产生的历史意义》一文，指出左联“是中国无产阶级的文学运动的全国性的统一机关”。7月，中国左翼文化总同盟在上海成立，任党团书记。9月10日，左联机关刊《世界文化》创刊，在创刊号上发表《左联成立的意义和它的任务》一文，指出：“文学运动今后的路线是群众化”，左翼文学的任务是促进“工农群众”的“阶级意识”，“使他们觉悟自己的历史使命”。9月17日，出席“鲁迅五十寿辰纪念会”，为发起人之一。1931年3月，调中共中央机关报《红旗日报》工作。同年9月左联机关杂志《北斗》出版，在创刊号发表评论《新人张天翼的作品》，热情鼓励左翼新作家的成长。

冯乃超在创作上以诗歌为主，也写小说和评论，曾翻译过一些日本文学作品，在现代文学史上有一定地位。身为文化先锋，却甘愿做无人知晓的文化界的统战、组织工作。晚年常有一些编委会、出版社把他列入现代文学家的名单，邀他写小传，他全部以“我不是诗人”、“我不是作家”而拒绝。

新中国成立之初，冯乃超任中央直属机关党委文教书记、人事部副部长，联系高等教育部。1950年，叶剑英向党中央打报告，要求调冯乃超到南方局工作。此事被广东省文教委员会知道后，也向党中央告急，陈述中山大学是孙中山先生手创，地处祖国南大门，靠近香港澳门，在教育界有特殊的地位，需要一位高水平、懂知识分子工作的党内同志来担任书记，这个人非冯乃超莫属。政务院总理周恩来为此跟冯乃超谈话，说明情况，并说调到中山大学工作，等于无过而降级了。

冯乃超淡淡一笑，说：“谁都希望到前台表演，后台工作谁去做？谁都愿意到中央工作，地方工作谁做？谁都想领导别人，被领导的事谁来干？只要是革命工作，为什么要去计较这些？”翌年初，经周恩来总理批准、毛泽东主席委任为中山大学副校长。面对当时中山大学仅剩8个学系，教授也只剩85位的严峻局面，冯乃超紧紧抓住人才培养和学科建设这两个关键不放松开展一系列“广揽人才、设置研究所、发展教师党员”等强有力措施，使中山大学发生深刻变化。

尔后，冯乃超在广州工作20余年，历任中共中山大学委员会第一书记、中共广东省委高等学校委员会第一书记、中共广东省委委员、中共广东省委文教部副部长等职，当选为第一届全国人民代表大会代表、中共八大代表、广东省政协副主席等职务。

《红纱灯》（诗集）

《傀儡美人》（小说、散文集）

《冯乃超文集》

《冯乃超全集》

《毛泽东颂》（诗集）

翻译作品：

《芥川龙之介集》

《傅利采的托尔斯泰》

《日本工人运动小史》

2001年，“冯乃超诞辰一百周年座谈会”在人民大会堂举行，时任全国人大常委会委员长李鹏为纪念冯乃超诞辰一百周年题词：“革命文学奋斗终生，勤劳钻研磊落光明”。

冯乃超同志是我党久经考验的共产主义老战士，五十多年来，始终以党的利益为重，忠贞不渝，立场坚定，正直无私，功成不居，埋头苦干，兢兢业业，表现了一个共产党员的优秀品格。在长期革命斗争中，为中国革命事业、文化教育事业做出了重要贡献。