1995年，宗教学系成立。

1998年被国务院学位委员会批准为哲学一级学科博士点，在哲学的全部8个二级学科（马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、美学、宗教学、科学技术哲学）招收博士和硕士研究生。1999年经教育部批准设立哲学学科博士后流动站。

2002年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、美学等四个学科被评为国家重点学科。

由于学科发展的需要，1995年9月宗教学由原来与哲学、逻辑学并列的专业独立成系。按照一种新的办学模式，宗教学系与哲学系联体运作，以求协力发展。

北京大学哲学系对20世纪中国哲学的发展起了重大的推动作用，并且还将在21世纪对人类文明继续作出应有的贡献。

北京大学哲学系是教育部最早确认的国家文科人才培养基地、国家级特色专业建设点，有哲学专业、宗教学专业、科技哲学与逻辑学方向等3个本科专业方向，现为一级学科硕、博士点，并有哲学博士后流动站。北大哲学系拥有外国哲学研究所、美学与美育研究中心2个教育部人文社会科学重点研究基地；并有《儒藏》编纂中心、马克思主义哲学研究中心、儒学研究院、宗教文化研究院、科学与社会研究中心等十余家研究机构。

百年以来，北大哲学系始终以学术为本，营造宽松自由、兼容并包的学术环境，形成了独具一格的学科特色和传统：既注重文本的历史解读，又强调现代分析的理论论证，形成史论兼修、厚积薄发的学术品格，以新方法阐释老传统；积极参与国际哲学前沿讨论，与世界哲学深入对话；秉承人文关怀，关注当代中国现实，致力于阐发当代中国人的哲学思想。

截至2020年5月20日，根据北京大学哲学系官网，北京大学哲学系现有教师70名，其中马克思主义教研室8人、中国哲学教研室10人、外国哲学教研室16人、逻辑学教研室6人、伦理学教研室5人、美学教研室4人、佛教与道教教研室7人、基督教与宗教学原理教研室6人、科学技术哲学教研室8人，具体名录如下：

北京大学哲学系（宗教学系）设有三个本科专业。

1.外国哲学研究所

2.科学与社会研究中心

1.北京大学科学传播中心

2.北京大学应用伦理学中心

3.北京大学马克思主义文献中心

4.北京大学现代科学与哲学研究中心

5.北京大学中国哲学与文化研究所

6.北京大学逻辑、语言与认知研究中心

7.北京大学人学研究中心

8.北京大学儒学研究中心

9.北京大学儒商文化研究中心

10.北京大学宗教学研究所

朱自清（1898-1948），字佩弦，原名自华，号秋实，江苏扬州人。1917年考入北京大学哲学系。主要著作有《诗言志辨》、《略读指导举隅》（与叶圣陶合著）、《经典常谈》、《标准与尺度》、《语之零拾》、《论雅俗共赏》、《新诗杂话》，散文集《背影》、《荷塘月色》等。出版有《朱自清全集》。

冯友兰（1895-1990），河南唐河人。1918年毕业于北京大学哲学系。1924年获美国哥伦比亚大学哲学博士学位。回国后，曾任广东大学、燕京大学教授，清华大学教授、哲学系主任、文学院院长，西南联合大学教授、文学院院长。建国后，任北京大学教授、中国科学院哲学社会科学部委员。

张国焘（1897-1979），中国共产党早期领导人之一。又名张特立，江西萍乡人。1916年入北京大学哲学系，后来曾参加五四运动。原为无政府主义者，后转信马克思主义。1920年加入北京共产主义小组，参与创建中国共产党的活动。1949年移居香港后转赴巴西和加拿大。1979年12月因病去世于多伦多。

牟宗三（1909-1995），宇离中，山东栖霞人。中国现代新儒家的重要代表人物之一。1927年入北京大学预科，两年后升入哲学系。1933年毕业后，曾先后在华西大学、中夺大学、金陵大学、浙江大学等校任教，以讲授逻辑学和西方哲学为主。1949年去台湾，任教于台北师范大学、台湾东海大学。1995年4月病逝于台北。

张岱年（1909-2004），字季同，别署宇同。河北省献县人。1933年毕业于北平师范大学，1933年秋在清华大学哲学系任教，后任教于私立中国大学，1946年任清华大学副教授，1951年任教授。1952年后任北京大学哲学系教授。《中国哲学大纲[中国哲学问题史]》、《中国哲学发微》、《中国哲学史史料学》和《中国哲学史方法论发凡》等著作。

任继愈（1916-2009），1934年考入北京大学哲学系，1942年起在北京大学哲学系担任教师。后任中国社会科学院世界宗教研究所所长；从1987年至今，任北京图书馆馆长，兼北京大学教授。其主要著作有《汉唐佛教思想论集》、《中国哲学史论》、《任继愈学术论著自选集》、《老子今译》和《墨子》等。