1932年，“一．二八”事变，日本帝国主义进犯淞沪。商务印书馆总管理处、总厂及编译所、东方图书馆、尚公小学被炸焚毁，损失巨大，被迫停业，解雇全部职工。八月一日复业，实行日出新书一种。十月，复刊《东方杂志》由胡愈之主编（第二十九卷第四号至第三十卷第六号）。

1932年，1月28日，日本海军陆战队突然袭击上海闸北，一·二八事变爆发，次日上午，日军飞机轰炸商务，位于宝山路的总管理处、编译所、四个印刷厂、仓库、尚公小学等皆中弹起火，全部焚毁。1932年，2月1日，日本浪人又潜入未被殃及的商务印书馆所属的东方图书馆纵火，全部藏书化为灰烬。五层大楼成了空壳，其状惨不忍睹。

据统计，商务印书馆资产损失1630万元以上，占总资产的80%。最令人痛惜的是东方图书馆的全部藏书46万册，包括善本古籍3700多种，共35000多册；中国最为齐备的各地方志2600多种，共25000册，悉数烧毁，当时号称东亚第一的图书馆一夜之间突然消失，价值连城的善本孤本图书从此绝迹人寰，这不能不说是中国文化史上的一大劫难。有学者认为：火烧圆明园和商务印书馆被炸，是中国近代史上的最令人痛心的文明悲剧。

日军之所以要炸毁商务印书馆，时日军海军陆战队司令盐泽幸一讲的很明白：“烧毁闸北几条街，一年半年就可恢复。只有把商务印书馆这个中国最重要的文化机关焚毁了，它则永远不能恢复。”1933年，商务曾收到过一封日本浪人的恐吓信，信中说：“尔中国败孔道，立学堂，读些国语三民主义与立共和，打倒帝国主义，恶劣之道行天下，……尔馆独销学校之书，印些腐败之物。上海毁尔书馆，尔书馆还是恶习不改，仍印三民之书、党部之语。中国不忍傍观，所以毁尔书馆，今若不速改恶习，我军到处，是商务印书馆尽烧毁。”这段话更是说出了日军轰炸商务印书馆的原委。

1934年，东方图书馆复兴委员会接受德国驻沪总领事代表德国各著名学术团体捐赠图书三千余册。商务印书馆印刷厂香港分厂新厦建成于北角。辑印《四部丛刊续编》，收书八十一种，一四三八卷。辑印《四库全书珍本初集》。编印《万有文库》第二集。编印《幼童文库》。出版黎锦熙《国语运动史纲》。出版吴半农译《资本论》（[德]马克思著）第一卷第一分册。影印《嘉庆重修一统志》。影印《六省通志》（湖南、浙江、广东、畿辅、湖北、山东）。

1941年总管理处迁重庆。沪、港货栈和印刷厂均被日军劫持，《东方杂志》等被迫停刊。1944年，东方图书馆重庆分馆开馆。1946年，总管理处由重庆迁回上海。1948设台湾分馆。1950商务印书馆与三联书店、中华书局、开明书店、联营书店联合组织中国图书发行公司，为新华书店以外的中国第二个发行系统。1951设总管理处驻京办事处。编审部迁京。1954总管理处迁京，实行公私合营。商务印书馆与高等教育出版社合并。1957由高等教育出版社分出，恢复商务印书馆独立建制。时代出版社（包括并入该社的五十年代出版社）建制撤销，并入商务印书馆。设香港办事处。在港举办创业六十周年纪念会。出版《新华字典》（新一版）。

1958年，中国出版社业务分工，商务承担了翻译出版国外哲学社会科学和编纂出版中外语文辞书等出版任务，逐渐形成了以“汉译世界学术名著”“世界名人传记”为代表的翻译作品，和《辞源》《新华字典》《现代汉语词典》《英华大词典》等为代表的中外文语文辞书为主要支柱的出版格局。

代表作品有：

商务印书馆译作编辑室是一个专门出版翻译作品的部门，以翻译出版世界各国学术名著为主，同时全面系统地译介当代具有定评的各派代表作品，及时反映国外学术界的思想和潮流。编辑室以出版精品图书主，主要翻译出版政治、经济、哲学、历史、法律和社会学等学科的学术著作。

代表出版物有《汉译世界学术名著丛书》《世界名人传记丛书》《法国思想文化译丛》《现代性研究译丛》等。

代表作品有《商务印书馆文库》《钱穆著作系列》《赵元任全集》《钱锺书手稿集》《中东国家通史》《中外政治制度比较丛书》《浙江大学学术精品丛书》《中国文化史知识丛书》《中国学术》《西学研究》陈功甫《中国革命史》等。

商务印书馆科技编辑室是以自然科学和应用技术类图书为出版对象的编辑室，主要出版国内外地学及相关的资源与环境、城市化与区域发展、旅游与探险等方面的学术著作和普及读物，尤其是前沿性的理论著作。

出版的图书主要包括学术著作、国家自然科学基金和国家科学技术学术著作出版基金研究专著、应用性学术研究报告系列、当代地理学译丛、地名词典等方面。

出版的图书有四大类：

商务一直重视对外合作，加强对外交流和版权贸易。每年，出境参展和出访交流计30人次左右，接待来访的合作伙伴100人次左右。与牛津大学出版社建立了战略合作伙伴关系，与朗文、拉鲁斯、罗贝尔、蓝登书屋、哈佛、岩波、小学馆、怡学、斗山东亚、SK、贝塔斯曼等境外近50家著名出版机构保持密切合作。在引进国外优秀图书、丰富繁荣中国图书市场的同时，积极开展了版权输出工作，有针对性地向海外出版机构推荐商务图书，取得了较好的效果。引进和输出图书年均在90种左右。

为纪念商务印书馆创立一百周年，香港联合出版集团总裁、香港商务印书馆董事长李祖泽提议，作一首颂歌贺商务百岁。商务印书馆顾问陈原，集中国文化名人、商务老前辈张元济、茅盾、叶圣陶的有关诗词作为歌词，请中央交响乐团作曲家袁音、胡海林谱了曲。

2019年4月12日下午，由中国科协调宣部主办，中国科协创新战略研究院、中国城市规划学会共同承办的“中国工业遗产保护名录（第二批）”发布会在中国科技会堂举行。商务印书馆榜上有名，主要遗存包括总厂旧址：藏版房；发行所；第五印刷厂旧址（虹口分店）；广州分馆；档案、历史照片；部分旧设备现存于中国印刷博物馆和上海历史博物馆；出版物。

入选中国工业遗产保护名录理由：我国第一家现代出版事业机构，中国出版业中历史最悠久的出版机构；与北京大学同时被誉为“中国近代文化的双子星”；第一个使用纸型印书、中国出版界首次使用著作权印花、第一个采用珂罗版印刷、第一个采用电镀铜版印刷、第一个使用自动铸字机、第一个采用胶版彩色印刷、生产制造中国第一部汉字打字机、改进铜锌版和试制三色铜版；编印世界上发行量最大的工具书（新华字典，超4亿册）；培养大批出版、印刷专业人才。

2021年10月，入选《2021胡润中国最具历史文化底蕴品牌榜》第42位。

从最初一个小小的印刷作坊，逐步发展成为现当代中国首屈一指的出版和文化机构，为开启民智、昌明教育、普及知识、传播文化、扶助学术做出了重要的贡献，得到几代国家领导人的重视，正如陈云所说，“是一个很重要的文化教育事业单位”。

一个多世纪以来，商务印书馆这个百年老店以开启民智、昌明教育作为自己的任务，而且向海外传播中华文化知识，可以说它在中国文化史上建立了辉煌的业绩，它成立的日子也就是2月11日是值得纪念的一天。

2021年11月9日，2021商务印书馆“十大好书评选”在京举行。《人间正道是沧桑——百年红色印迹手绘本（第一卷）》《邓小平与中国共产党百年历程》被评为“庆祝中国共产党成立100周年特别致敬图书”；《伏尔泰文集》《马克思主义三个来源经典著作译丛》《第一次世界大战的起源》《剑桥早期内亚史》《万国天津》《魏玛共和国史》《视觉艺术中的意义》《炼狱的诞生》《革命的形成》《欧洲历史地理》获评年度学术类十大好书。

2021年11月19日，由国家语言资源监测与研究中心、商务印书馆等联合主办的“汉语盘点2021”活动在京启动。启动仪式上，主办方推出“专家版本”和“大数据版本”的年度推荐字词。12月20日，“汉语盘点2021”揭晓仪式将公布“年度字词”。

2022年2月，商务印书馆11日在北京迎来125岁生日。中国香港、中国台湾、马来西亚、新加坡的商务印书馆同仁以视频形式共同参加庆祝。

2022年11月21日，由国家语言资源监测与研究中心、商务印书馆等单位联合主办的“汉语盘点2022”启动仪式在北京举行。