1999年9月，国家海关总署批准太仓港为集装箱中转港。

2001年，国家交通部、国家发展计划委员会把太仓港定位为上海国际航运中心集装箱运输的干线港。

2005年11月，江苏省委省政府决定成立副厅级建制的中共江苏太仓港口工作委员会和江苏太仓港口管理委员会，全面承担太仓港口建设和发展等管理职能。

2006年9月，交通运输部出台《全国沿海港口布局规划》，将苏州港（太仓港区、常熟港区、张家港港区）列为全国9大集装箱干线港之一。

2010年5月，国务院批复《长江三角洲地区区域规划》，太仓港被定位为重点建设的集装箱干线港和江海联运中转枢纽港。

2012年12月，财政部、国家发改委、交通运输部共同批复同意，自2013年1月1日起太仓港作为沿海港口管理，并执行海港行政事业性收费政策。

2013年9月，交通运输部出台公告，自2013年11月1日起取消五星旗海轮进出长江太仓港及以下水域强制引航。自此，太仓港全面实现海港化。

2013年10月，交通运输部、江苏省人民政府联合批复《苏州港总体规划（2013－2030年）》，明确苏州港是我国沿海主要港口和综合运输体系的重要枢纽，是上海国际航运中心的重要组成部分，是江苏省、苏州市经济社会发展和促进苏南现代化建设的重要依托，是长江三角洲及长江沿线地区经济社会发展和扩大对外开放的重要支撑；苏州港太仓港区重点服务于江苏省、苏州市及长江沿线地区，以集装箱干线运输和铁矿石、煤炭中转运输为主，相应开展石油化工品中转储运，并兼顾太仓市临港产业开发。

2021年1月8日“徐州港—太仓港”内河航线开通。

2021年3月1日，长江太仓水上绿色综合服务区投入试运行，承担起免费船舶污染物接收、免费交通、应急救援、便民服务等绿色服务使命，每年能免费接收船舶生活污水3万立方米、油污水5000立方米、垃圾500吨。阳鸿石化化学品洗舱水（清洗船舱后产生的污水）及含油污水接收处置站即将投入使用。太仓港既是苏州港口型国家物流枢纽的核心载体，也是虹桥国际开放枢纽的重要组成部分，国家层面双重定位的叠加，是太仓港“十四五”开局之年面临的重大历史机遇。

2021年6月18日，“太申快航”精品航线首航。“太申快航”实现“五定”（定线、定船、定时、定航次、定运价）运行，初期航线密度为每天2班，首次实现太仓港与上海港所有港区的点对点直航全覆盖，这将进一步增强长三角港口一体化中对太仓港明确的“上海港远洋集装箱运输的喂给港”定位，对优化长江航运体系以及促进苏南地区集装箱“陆改水”具有重要意义。

2021年6月28日，太仓港集装箱四期工程正式启用。太仓港集装箱四期工程作为长江流域首个堆场自动化码头，是江苏省、苏州市重点建设项目，也是太仓港与上海港推进沪苏同城、沪太同港进程的核心合作项目。四期码头于2018年4月开工，建设4个5万吨级集装箱泊位及相关配套设施，水工结构按靠泊10万吨级集装箱船设计，码头长度1292米，概算总额为40.27亿元，设计年通过能力200万标箱。

2021年12月29日，太仓港共完成集装箱吞吐量702.21万标箱，同比增长34.4%，较历史高点增长超三分之一，实现连续12年领跑长江，全国排名跃升1位、首次晋级成为全国第8大集装箱港口。

2022年 4月15日，太仓港新加密的一条东南亚集装箱航线开启首航，该航线将为长三角和长江沿线东南亚进出口企业提供便利快捷的海运服务。 新加密东南亚航线的目的港是越南海防港和胡志明港，先期投入两艘船运营，空箱舱位1100标箱和1400标箱，挂港顺序为太仓港—越南海防港—胡志明港—太仓港，每周一班。 随着该航线的启航，太仓港东南亚集装箱航线增加至4条，覆盖海防、胡志明、林查班、曼谷等主要港口。太仓港近洋航线总数增至31条，实现日本、韩国、俄罗斯、越南、泰国等主要近洋港口全覆盖。

2022年12月29日，太仓港码头，一个印有“苏州港”标识的集装箱被缓缓吊起，装上了“江远远达”集装箱船。这是太仓港起吊的第800万个集装箱，标志着该港集装箱吞吐量突破800万标箱，货物吞吐量突破2.6亿吨，同比分别增长13.7%、7.0%，均创港口建设30年来历史新高。其中，集装箱吞吐量连续5年位居江苏第一，稳居全国集装箱港口第八位。

太仓港地处长江经济带与沿海经济带的“T”型交汇处，具有通江达海的区位优势，港口距离长江入海口引航锚地68海里，拥有长江岸线38.8公里，其中可建万吨级以上泊位的优良深水岸线25.7公里，岸线平直、边滩稳定、深水近岸，具备建设集装箱枢纽港的各种条件。通航水深达-12.5米，可满足5万吨级散货船和第四代集装箱船全天候进出，10万或20万吨散货船和第五第六代集装箱船乘潮或减载进出。

太仓港地处中国经济最发达的地区之一----长江三角洲的核心，腹地对外贸易发达。依托苏州、无锡、常州等苏南和南通、泰州、扬州等苏中地区经济的快速发展，特别是苏州工业园区、苏州高新区和昆山开发区、太仓港开发区等国家级开发区和众多省级开发区的外向型经济发展，为港口发展积聚了大量的本地箱源。依托长江黄金水道、长江中上游大中城市经济的快速发展，为港口提供了充足的江海中转货源。

太仓港距离腹地近，陆路至上海市区仅约60公里，至苏州市区约80公里，至苏州工业园区约60公里，至无锡市区约90公里，至南通市区约100公里，至南京市区约250公里，至上海虹桥机场、上海浦东机场和苏南硕放机场分别约为60公里、96公里和86公里，港口与上述城市和机场之间全部有高速公路连接。水路与长江沿岸20多个港口连接。

自上世纪九十年代开港以来，在国家有关部委、江苏省委省政府、苏州市委市政府以及各级各地各有关部门的大力支持下，太仓港取得了又好又快发展。

至2013年底，全港码头泊位总数已达72个，其中万吨级以上泊位34个、集装箱泊位10个，总设计吞吐能力1.25亿吨、435万吨标箱。拥有太仓港综保区、信息中心、口岸集中查验中心、长三角国家级进口木材检疫除害处理区、公共危险品箱作业区、锚地、监管救助综合基地、集卡停车场等功能载体。

已形成完善的集疏运网络体系。依托直达码头的苏昆太高速、太仓港疏港高速、锡太一级公路、338省道、339省道、新港公路，与沿江高速、沪宁高速、苏嘉杭高速、沿海高速、204国道、312国道相连，构成辐射长三角地区密布的高等级公路网。即将开建的沪通铁路太仓港支线直达集装箱港区。通过疏港航道杨林塘（在提档整治），与苏南内河网联通；依托长江，通过水水中转直达长江中上游所有港口。

至2013年底,全港航线总数已达114条,其中外贸航线13条，挂靠日本、韩国和中国台湾地区的13个港口，日本航线实现天天班；内贸干线36条，运营网络遍及我国沿海主要港口；洋山－外高桥外贸支线19条，无缝对接上海洋山、外高桥20多家母船公司远洋航线；长江（运河）支线46条，挂靠沿江18个主要港口和运河4个港口。2013年共有25个省（市、区）2533家进出口企业从太仓港走货，比上年同期增加2个省（市、区）、近300家进出口企业。

2021年，太仓港新开辟集装箱班轮航线10条。

2013年，全港完成集装箱吞吐量326.7万标箱、货物吞吐量1.3亿吨，同口径增长12%和15%。大综货物吞吐量均保持两位数增长，其中铁矿石吞吐量突破4500万吨，木材吞吐量突破600万立方，均创历史新高，成为全国进口木材第一大港。

在苏州工业园区、高新区和昆山开发区设立了服务中心，为企业物流提供个性化、全方位服务。在苏州工业园区、高新区建立了“无水港”，方便企业走货。口岸查验单位全部进驻码头现场办公，实行24小时现场值班制和365天工作制，推行“一站式办公、一条龙服务”模式，出台预约服务、提前报关（检）、上门验放、担保放行、车船直取、绿色通道等措施。正按照江苏省人民政府要求，开展关检合作“三个一”试点工作。太仓港口岸连续5年获评江苏省文明口岸，2013年被国家口岸办评为“全国运行管理先进口岸”。

2011年6月，太仓港经济技术开发区获国务院批准晋级为国家级经济技术开发区。2013年5月，太仓港综合保税区成功获批。截至2013年底，太仓港经济技术开发区共注册企业超过2600家，注册资本约450亿元，总投资1000多亿元人民币。打造了石油化工、电力能源、轻工造纸三个超百亿级的传统支柱产业基地，形成了全球第二大集装箱标准箱制造基地，国内最大的高级润滑油生产基地，长三角地区最大冷冻液化气生产基地和化工品中转基地，省内最大的PVC生产基地，沿江地区最大的电力能源基地。培育了新能源、新材料、新装备三大新兴支柱产业。形成了世界500强企业、美资企业和中央企业三大特色企业集群。

根据2013年10月交通运输部、江苏省人民政府联合批复的《苏州港总体规划（2013－2030年）》，太仓港共规划港口岸线28.2千米，分鹿河、新泾、荡茜、浮桥、茜泾等五个作业区，未来太仓港可建设生产性泊位163个，其中万吨级以上泊位76个，货物设计吞吐能力3.26亿吨，其中集装箱设计吞吐能力2147万标箱。

风况：全年长风向ESE，频率12%

冰冻：全年无冰冻期

气温：年平均气温15.3度，极端最高气温39.7度，极端最低气温-11.5度

潮汐：属正规半日潮海潮，潮位变化与上游径流变化关系不大。最高潮位4.56米 ,最低潮位－1.41米,平均高潮位1.67米，平均低潮位-0.60米，最大潮差4.18米 平均潮差2.17米。

潮流：属往复型。涨潮流向NW，落潮流向SE，流向变幅不大。