基督教早在罗马时期就在巴伐利亚传播了，但在沃尔姆斯主教鲁伯特于696年应公爵狄奥多西一世之邀来到这里后，一个新时代开始了。和普瓦捷主教圣艾梅兰一样，他也建立了几座修道院，不久就有大批当地人皈依基督教，巴伐利亚和罗马也建立了联系。

8世纪中异教开始回潮，圣卜尼法斯于734年来到这里调查叛教情况。卜尼法斯组织起巴伐利亚教会，建立或重建了萨尔兹堡、弗赖辛、雷根斯堡和帕骚主教区。

于749年成为巴伐利亚公爵的塔希洛三世于757年承认法兰克国王矮子丕平的最高权威，但是不久拒绝参加对阿基坦的战争。在查理曼统治前期，塔希洛还以自己的名义自行处理宗教和民事事务，拒绝参加法兰克人召开的大会，基本已成为独立的统治者。他对阿尔卑斯关口的控制，与阿瓦尔人的联盟和伦巴第国王德西德里乌斯女婿的地位使他成为法兰克王国的一大威胁，于是查理曼决心消灭他。

这次对抗的结果仍不清楚。塔希洛在781年似乎已经表示效忠，在787年很可能由于法兰克军队到来而再次效忠。但是进一步的问题很快出现了，788年法兰克人召来因格尔海姆公爵，以叛逆罪处死了他。但是国王宽恕了进入修道院，且于794年在法兰克福正式放弃公国的塔希洛。

查理曼的表兄格罗尔德在799年与阿瓦尔人战死之前一直统治着巴伐利亚，于是法兰克的伯爵们接管了政权，将这里并入查理曼帝国。查理曼采取的发展学术，改善民生的措施使帝国国势日盛。巴伐利亚人对这些改变，包括公国覆灭没有抵抗。他们主要在教会影响下如此完全的并入法兰克人的领地，以至于查理曼仅仅特别针对巴伐利亚事务发布了两道教会法规。

（3）加洛林时期

巴伐利亚下一个世纪的历史与加洛林帝国关系甚密。巴伐利亚在817年的帝国瓜分中属于东法兰克国王，日耳曼人路易，而在843年的《凡尔登条约》中，它得到了扩大。路易将其政府和蓬勃发展的巴伐利亚的中心置于雷根斯堡，为保护这里的安全而对斯拉夫人进行了无数战争。

当他于865年分割领地时，巴伐利亚属于长子卡洛曼，他之前已经在管理这里了，在路易于880年去世时，它成为皇帝胖子查理广大领土的一部分。这个无能的统治者让卡洛曼的私生子阿尔努夫负责这里的防务。主要由于巴伐利亚人的支持，阿尔努夫得以在887年与查理对阵，并在次年被选为德意志国王。

899年巴伐利亚到了“幼子”路易手中，他统治期间匈牙利人不断发动侵略。对这些入侵的抵抗日益微弱，在907年7月5日几乎所有巴伐利亚部落都在普雷斯堡战役中被强大的敌人消灭了。“幼子”路易统治时期，拥有大片巴伐利亚领地的舍耶恩伯爵鲁特博德统治着为防御巴伐利亚东南边境而建立的卡林西亚边区。

他死在907年的一场大战中，但是他的儿子阿尔努夫——绰号“坏人”——召集了部落余部，驱逐了匈牙利人，于911年成为巴伐利亚公爵，将巴伐利亚和卡林西亚统一在自己统治之下。德意志国王康拉德一世在阿尔努夫拒绝承认其最高权威后向他发起进攻，但失败了。

（4）奥托和萨利安王朝时期

920年，康拉德的继任者奥托王朝的德意志国王，捕鸟者亨利承认阿尔努夫为公爵，认可他任命主教，铸币和签署法律的权利。

阿尔努夫和他的继任者艾伯哈德与亨利的儿子奥托大帝也爆发了一场类似的冲突。艾伯哈德没能如父亲一样成功，于938年逃离巴伐利亚，奥托将公爵之位给了前公爵的叔叔贝托尔德，但减少了其特权。奥托还任命艾伯哈德的弟弟阿尔努夫为行宫伯爵以维护王室利益。

贝托尔德于947年去世后，奥托将公爵之位给予他自己的弟弟亨利，亨利之前已与公爵阿尔努夫的女儿朱迪丝联姻。巴伐利亚人不喜欢亨利，他在短暂的统治期间精力主要用在与人民对抗中了。

匈牙利人的劫掠在他们莱希费尔德被击败（955）后就停止了，公国的领地曾暂时延伸到意大利的一些地区。

955年，亨利的幼子“争吵者”亨利继位，但是974年他卷入了对国王奥托二世的密谋叛乱中。叛乱的起因是国王将士瓦本公国赐给亨利的敌人，奥托大帝的孙子奥托，还将新成立的巴伐利亚东方边区，也就是后来的奥地利赐给巴本堡伯爵利奥波德。叛乱很快失败了，但是从监狱中逃亡的亨利继续着自己的计划，他于976年正式把爵位给予士瓦本公爵奥托。同时卡林西亚也成为独立公国，行宫伯爵也重建了，巴伐利亚教会改由国王而非公爵控制。

985年，亨利复位，他建立了国内秩序，签署重要法律，采取措施改革修道院，用行动证明了自己是一个合格的统治者。他的儿子和继任者于1002年被选为德意志国王亨利二世，于是把巴伐利亚给了自己的表兄卢森堡家族的亨利，在后者于1026年去世后又将爵位传给亨利，即后来的皇帝亨利三世，后来又传到卢森堡家族另一个成员公爵亨利七世手中。1061年，德意志国王的母亲兼摄政艾格尼丝将公国给予诺德海姆家族的奥托。

（5）韦尔夫家族时期

1070年，国王亨利四世罢黜了公爵奥托，将公国给了韦尔夫伯爵，他是一个根基在北意大利的颇有影响力的巴伐利亚家族的成员。由于在与教皇格里高利七世与亨利的斗争中支持前者，韦尔夫失去但后来又重新得到了巴伐利亚；他的两个儿子分别继位，1101年韦尔夫二世继位，亨利九世于1120年继位。两人都在德意志诸侯中颇有影响。

亨利九世的儿子亨利十世，绰号“骄傲者”，于1126年继位，还于1137年得到了萨克森公国。国王康拉德三世对他的权势颇感忌惮，拒绝两国由一人统治并废黜了亨利。他将巴伐利亚赐给奥地利藩侯利奥波德四世。利奥波德于1141年去世后，国王自己占有了公国，但是这里还是混乱不断，于是他在1143年将他给了奥地利藩侯亨利。

对占有权的争夺持续到1156年，当时的皇帝弗雷德里克一世为了恢复德意志的和平，说服亨利将巴伐利亚给“骄傲者”亨利的儿子萨克森公爵，“狮心”亨利。作为回报，奥地利在《小特权敕令》中从边区提升为独立的公国。“狮心”亨利建立了慕尼黑。

（6）领土变动

加洛林帝国覆灭后的若干年间，巴伐利亚的边界一直处于变动中，在955年之后很长一段时间内在扩张。在西边，列奇仍然是士瓦本和巴伐利亚的分界点，但在其他三面，巴伐利亚利用各种机会扩张，在多瑙河以北取得大片土地。但是在韦尔夫家族统治后期发生了相反的趋势，巴伐利亚的范围缩减了。公爵“狮心”亨利将巨大精力放在他北边的萨克森公国，而非南边的巴伐利亚公国，当巴伐利亚继承争端在1156年结束后，恩斯和伊恩之间的地区成为奥地利的一部分。 随着之前属于巴伐利亚的一些土地，如斯蒂利亚边区（1180年升为公国）和蒂罗尔伯国越来越重要，巴伐利亚的绝对和相对力量都在下降，在各个方向都缺乏扩张的机遇。相邻的卡林西亚公国，萨尔兹堡大主教的大片领地，还有神职人员和贵族普遍要求更独立的倾向，这些都阻碍了巴伐利亚的扩张。

（7）维特尔斯巴赫家族时期

“狮心”亨利在1180年被帝国监禁，公国被弗雷德里克一世给了巴伐利亚的维特尔斯巴赫家族的成员，舍耶恩伯爵的后裔奥托，一个新的时代开始了。维特尔斯巴赫家族在1918年之前一直统治巴伐利亚。维特尔斯巴赫家族在1214年还得到了选帝侯的称号。在维特尔斯巴赫家族的奥托于1180年9月在阿尔滕堡取得爵位时，巴伐利亚包括林山，伊恩，阿尔卑斯和列奇；而公爵只能对他自己在维特尔斯巴赫，凯尔海姆和施特劳宾附近的私人领地施行有效统治。

奥托只统治了3年。他的儿子路易一世于1183年继位，在弗雷德里克二世皇帝统治初期是德意志事务中的领导角色，他于1231年9月被刺杀于凯尔海姆。他的儿子，“杰出者”奥托二世是下一任公爵，发现他对霍亨斯陶芬皇帝的效忠使得自己处于教皇的禁令下，且被开除了教籍。像他的父亲一样，奥托二世通过购买方式扩展了领土，他在1253年11月去世之前使公国国势大盛。

公爵们为发展力量和统一公国而采取了许多成功的措施，但他们很快遇到了家庭内部不同成员间分裂的问题，这使得巴伐利亚在250年间的历史无外乎一部充斥着战争和衰落的领地分裂史。

第一次分裂发生在1255年。公爵奥托二世的两个儿子路易二世和亨利十三在父亲去世后曾联合执政两年，最终在当年分割了遗产：路易二世得到公国的西部，即后来所称的“上巴伐利亚”以及选侯称号，而亨利则获得了东部，即下巴伐利亚。

（1）下巴伐利亚

下巴伐利亚公爵亨利十三将大部分时间花在与他的哥哥，波西米亚国王奥塔卡二世和许多神职人员上争吵上。当他于1290年2月去世时，他的领地分给三个儿子：奥托三世，路易三世和斯蒂芬一世。三人的家族一直统治下巴伐利亚到1333年，当年亨利十五（奥托三世）去世，1334年他的侄子奥托四世也死了。由于两人死时都没有儿子，于是整个下巴伐利亚传到了亨利十四手上。亨利1339年去世时只留下一个儿子，约翰一世，他在次年也去世了，也没有子嗣。维特尔斯巴赫家族的皇帝路易四世就通过自己占有下巴伐利亚的形式将公国统一了。

（2）上巴伐利亚

“严厉者”路易二世在他漫长的统治期间成为德意志南部最强大的诸侯。他是侄子霍亨斯陶芬家族的康拉丁的监护人，康拉丁1268在意大利杯处决后，路易和他的弟弟亨利继承了霍亨斯陶芬家族在士瓦本和其他地方的领地。他支持哈布斯堡伯爵鲁道夫1273年争取德意志王位的行动，他娶了新国王的女儿迈克迪尔，还在波西米亚和其他地方的战役中支援国王。

路易1294年死后的多年中，他的儿子鲁道夫一世和路易，即后来的皇帝路易四世，共同统治公国，但是随着他们的关系向来不好。他们于1310年分割了领地，鲁道夫得到了伊扎以东包括慕尼黑的土地，而路易则得到了伊扎和列奇之间的土地。但是和平并不长久，这项安排导致两兄弟在路易成为德意志国王三年后的1317年兵戎相见，路易迫使鲁道夫退位，并独自统治整个上巴伐利亚达12年。但是1329年，一系列事件使得他与鲁道夫的儿子，鲁道夫和鲁伯特签署《帕维亚条约》，将莱茵行宫伯国（维特尔斯巴赫家族自1214年占有）和巴伐利亚多瑙河以北的一部分，即后来的上帕拉廷移交给他们。

同时维特尔斯巴赫家族的两支决定轮流行使选举皇帝的权力，而且在两支中的一支绝嗣后，另一支可继承其领地。

巴伐利亚在路易四世统治期间的稳定持续了7年，期间皇帝有能力为公国提供更好的条件。当他于1347年去世时，他留下六个儿子，他们于1349年达成分割巴伐利亚的协议。但是巴伐利亚的历史由于其与勃兰登堡，荷兰，埃诺和蒂罗尔的联系而变得复杂了，这些领地也是皇帝留给儿子们的。六兄弟在巴伐利亚都有一定的权威，但是只有三人留下子嗣，其中最年长的巴伐利亚公爵路易五世——同时也是勃兰登堡藩侯和蒂罗尔伯爵——于1361年去世了，两年后他的独子迈因哈德也无嗣去世。蒂罗尔随后转到哈布斯堡家族。勃兰登堡也在1373年失去了。

尚存的两兄弟斯蒂芬二世和阿尔伯特一世分别统治巴伐利亚-兰茨胡特和巴伐利亚-施特劳宾，斯蒂芬于1375年去世后，他的三个儿子共同统治他的领地。1392年，当斯蒂芬和阿尔伯特以外的家族都绝嗣时，他们做了一个重要的领土分割，将公国中较大的一部分分给斯蒂芬的三个儿子，斯蒂芬三世，弗雷德里克和约翰二世，他们分别建立了因戈尔施塔特，兰茨胡特和慕尼黑的支脉。

1392年对领土的分割引起了一系列内战，使巴伐利亚暂时退出了德意志的政治舞台。邻国蚕食着边界，贵族藐视公爵权威，公爵选侯权利也被剥夺，巴伐利亚陷于内战漩涡长达50年。

但是这种状况也有一些好处。公国政府和财政控制权主要转到了1392年组织起来的议会手中。随着贸易发展，这些享有一定独立权的城镇变得强大富有，慕尼黑和雷根斯堡的居民成为公爵难以战胜的对手。这段混乱期间，代表机构有所成长，强大的市民精神也发展起来。

1.巴伐利亚-施特劳宾

阿尔伯特一世的巴伐利亚-施特劳宾公国在他于1404年去世后与荷兰和埃诺一起传给了儿子威廉二世，1417年又传给了他的幼子约翰三世，他辞去了列日主教职位接任公爵。约翰于1425年去世后，他的家族绝嗣了，在一系列争斗之后，维特尔斯巴赫家族尚存的因戈尔斯塔特，兰茨胡特和慕尼黑三支家族瓜分了巴伐利亚-施特劳宾。但是荷兰和埃诺落到了勃艮第手中。

2.巴伐利亚-因戈尔施塔特

巴伐利亚-因戈尔斯塔特公爵斯蒂芬三世一生征战，以战士而非政治家闻名于世，他统治期间与许多城镇，还有他弟弟巴伐利亚-慕尼黑的约翰。他于1413年去世后，他的儿子“长须人”路易七世继位。在登基前，这位精力充沛而好争吵的小公爵还在法国事务中发挥了重要作用——他的妹妹伊莎贝拉嫁给了法国国王查理六世。1417年左右，他卷入了与他的表兄巴伐利亚-兰茨胡特公爵亨利十六的争端中，两人都遭到皇帝和教廷的处分，1439年他还遭到儿子“跛脚者”路易八世的攻击。这位已经成为勃兰登堡藩侯，霍亨佐伦家族弗雷德里克一世乘龙快婿的小公爵非常讨厌父亲对一个私生子的宠爱。他得到了后来的勃兰登堡藩侯阿尔伯特·阿基里斯的支援，将老路易关了起来，于1443年又迫他退位，将其驱逐。当“跛脚者”路易于1445年去世后，他的父亲被他不共戴天的敌人，巴伐利亚-兰茨胡特公爵亨利控制，于1447年死于狱中。

3.巴伐利亚-兰茨胡特

巴伐利亚-因戈尔斯塔特公国于1393年转到了已于1393年继承父亲弗雷德里克的巴伐利亚-兰茨胡特公爵之位的亨利手中，他漫长的在位时期几乎整个被家庭争端占据。他于1450年7月去世，他的儿子“富有者”路易九世继位。从此时起，巴伐利亚开始恢复之前的荣耀。

路易九世将犹太人赶出公国，增强了商人的安全，还改善了司法管理和财政状况。1472年他建立了因戈尔斯塔特大学，试图改革修道院，还成功击败了勃兰登堡藩侯阿尔伯特·阿基里斯。路易九世于1479年1月去世时，他的儿子乔治——绰号也是“富有者”——继位。当乔治，德意志国王马克西米连一世忠实的追随者于1503年12月无嗣去世后，公国未定的所有权引发了一场战争。

4.巴伐利亚-慕尼黑

巴伐利亚-慕尼黑在1397年约翰二世去世后由他的儿子厄内斯特和威廉三世继承，但是他们在经过与巴伐利亚-因戈尔斯塔特的一番争斗后才保住领土。两兄弟后来又卷入了与家族其他支系和慕尼黑市民的冲突中。威廉三世，皇帝西格斯蒙德忠实的仆人，于1435年去世，只留下一个儿子阿道夫，他在五年后也死了。而以身体强壮闻名的厄内斯特在1438年去世。1440年，整个巴伐利亚-慕尼黑家族由厄内斯特的儿子阿尔伯特三世继承，他由于和艾格尼丝·贝尔瑙尔不幸的婚姻而与其父不和。因试图改革修道院而得到“虔诚者”绰号的阿尔伯特在1440年几乎被选为波西米亚国王。他于1460年去世，留下五个儿子，两个最大的约翰四世和西格斯蒙德在约翰1463年去世之前一直共同统治国家。在教会接受教育的三子阿尔伯特在1465年也加入统治，并在1465年西格斯蒙德退位后成为唯一的统治者，但他的两个弟弟仍然要求继承爵位。

“智者”阿尔伯特四世将阿本斯堡纳入治下，1504年又介入因“富有者”乔治去世后巴伐利亚-兰茨胡特继承权空悬而爆发的兰茨胡特继承战争。阿尔伯特的对手是乔治的女婿，前弗赖辛主教，也是莱茵行宫伯爵菲利普继承人的鲁伯特。由于身为奥地利大公和蒂罗尔伯爵，皇帝马克西米连一世也介入此争端。鲁伯特于1504年去世，次年皇帝和菲利普的孙子，奥托·亨利在科隆会议上达成了一项安排，他得到一些边远地区，而阿尔伯特则得到大部分领地，基本统一了巴伐利亚。1506年阿尔伯特规定公国必须按照长子继承制来继承，还努力以其他手段巩固巴伐利亚。他在改善国家状况上取得了部分成功，1500年巴伐利亚成为德意志六个大区之一。他于1508年3月去世，他的儿子威廉四世继位，其母库尼贡德是皇帝弗雷德里克三世的女儿。

（1）文艺复兴与宗教改革

尽管威廉四世1506年的法令在1516年被废除了，而且经过一番暴力冲突，他与他的弟弟路易十世之后共享政权，这项安排一直持续到路易于1545年去世。

威廉在1534年在林茨与匈牙利和波西米亚国王签署条约之前一直奉行维特尔斯巴赫家族对抗哈布斯堡的传统政策。1546年皇帝查理五世许诺让威廉继承波西米亚王位并得到莱茵行宫伯爵享有的选侯权后，威廉在施马尔卡尔登战争中站在皇帝一方，这加强了双方的联系。威廉在这个关键时期还确保巴伐利亚的天主教信仰。新教教义在公爵从教皇手中得到了对主教区和修道院广泛的权利，并采取措施镇压新教徒并驱逐了很多人之前已传播甚广；而于1541年应公爵之邀来到巴伐利亚的耶稣会更是把因戈尔斯塔特大学建成他们在德意志的总部。威廉于1550年3月去世，他的儿子阿尔伯特五世继位，他和哈布斯堡家族的费迪南，后来的皇帝费迪南一世的女儿联姻。阿尔伯特统治早期，他对在巴伐利亚仍有很大势力的新教徒作出一定妥协；但是1563年他改变了态度，支持特伦特公会议的教义，并积极推进反宗教改革的事业。随着教育逐渐转到耶稣会手中，新教在巴伐利亚逐渐消失了。

阿尔伯特五世大规模赞助艺术家。各种类型的艺术家聚集到他在慕尼黑的宫廷，城市中崛起许多宏大的建筑，来自意大利和其他地方的艺术品充实着公爵的收藏室。豪华宫廷的浩大开支导致公爵与贵族会议的争吵，他残酷压迫臣民，在1579年10月去世时留下一大笔债务。

继位的威廉五世（虔诚者）公爵接受的是耶稣会教育，笃信耶稣会信条。他于1583年味他的弟弟厄内斯特得到了科隆大主教区，这项荣耀一直留在他的家庭中几乎200年。1597年他让位于儿子马克西米连一世，随后退隐到修道院中，于1526年去世。

（2）三十年战争

马克西米连一世即位时发现公国债台高筑，一片混乱，但是他十年兢兢业业的统治使公国发生了很大变化。他重组了财政和司法体系，建立一个公共服务阶层和国家民兵组织，还将几个小区纳入公爵治下。公国内部的团结和秩序使马克西米连可以在三十年战争中大显身手； 在战争初期他非常成功，夺去了上帕拉廷和1356年起由维特尔斯巴赫家族享有的帕拉廷选侯权。尽管后来形势逆转，马克西米连还是在1648年的《威斯特伐利亚条约》保留了这些战利品。在战争后期，巴伐利亚——尤其是北部——损失惨重。1632年瑞典人入侵，1647年马克西米连撕毁《乌尔姆条约》后，法国和瑞典军队再次蹂躏了巴伐利亚。在重建工作刚刚有所成效时，选侯于1651年9月死在因戈尔斯塔特，留下一个比他即位时强大的多的公国。上帕拉廷的收复增强了巴伐利亚的国力，选侯权的获得则大展国威，公国自此得以在被国内斗争折磨四百年后重返欧洲政治舞台。

（1）绝对君主制

不管马克西米连一世为公国赢得了怎样的国际地位，对巴伐利亚自身而言，下两个世纪仍然晦暗不明。马克西米连的儿子，费迪南·马里亚（1651-1679）作为幼子继位，他鼓励农业和工业发展，建造或重建了大量教堂和修道院，对修复三十年战争的创伤做出了很大贡献。1669年他还召开了自1612年就暂停的国会。 但他的成果被他的儿子马克西米连二世·伊曼纽尔（1679-1726）大大挥霍了。他是一个致力于开疆扩土的君主，不仅对奥斯曼帝国作战，还站在法国一边参加了西班牙王位继承战争。他在1704年8月13日的赫希施塔特附近爆发的布伦海姆战役中战败，他的领地在《伊伯森海姆条约》中暂时被奥地利和帕拉廷选侯瓜分，直到1714年才在《巴登条约》中归还给他；第一次巴伐利亚农民起义，桑德令的血腥圣诞节，在1706年辈奥地利占领军镇压。

他的儿子查理·阿尔伯特（1726-1745）没有吸取父亲的教训，将全部精力投入到提高在欧洲的声望和家族的势力上。皇帝查理六世去世给了他一个机会：他质疑将哈布斯堡继承权给予玛利亚·特雷莎的《国事诏书》的有效性，于是与法国联盟征服了上奥地利，在布拉格加冕为波西米亚国王，在1742年又在法兰克福成为皇帝。但是他自己付出的代价就是巴伐利亚本土被奥地利军队占领。尽管1744年普鲁士国王弗雷德里克二世入侵波西米亚使得他重返慕尼黑，他于1745年1月20日去世时，他的继承者还是面临着如何恢复领地的问题。

马克西米连三世·约瑟夫（1745-1777）在1745年4月22日签署的《富森条约》中收复了领地，同时也承认《国事诏书》。他是一个开明君主，大力鼓励农业，工业和勘探矿床，在慕尼黑建立了科学院，还废除了耶稣会对出版的监督。他于1777年12月30日去世时没有留下子嗣，巴伐利亚的维特尔斯巴赫家族绝嗣了，于是爵位传到了帕拉廷选侯查理·西奥多手中。在分离了四个半世纪后，帕拉廷——它还增加了于利希和贝尔格的领地——重新与巴伐利亚统一。

（2）帕拉廷-巴伐利亚

巴伐利亚势力的崛起对刚刚开始感到恐惧的邻国——作为波西米亚，奥地利和帝国统治者，对巴伐利亚三分之一的领地拥有已过期的领主权——奥地利来说是不可忍受的。这些地区曾经被奥地利军队占领过，而这也得到了查理·西奥多的秘密同意，因为他没有合法后嗣，希望皇帝将他的亲生孩子升为帝国诸侯。得到普鲁士国王支持的下一位继承人茨魏布吕肯（双桥）公爵查理二世对此提出抗议，于是巴伐利亚继承战争爆发。在《特申条约》（1779年5月13日）中，因河地区被割让给奥地利，茨魏布吕肯公爵查理的继承权得到确认。

对巴伐利亚本身而言，查理·西奥多微不足道。他在外乡人中自感疏离，而他最关注的事情——在奥地利内阁中引发了无尽的阴谋，也是弗雷德里克二世1785年“诸侯联盟”的直接原因——是用巴伐利亚交换奥属尼德兰和勃艮第国王的头衔。除此之外，他前任开明的国内政策都被废弃了。耶稣会原本是马克西米连·约瑟夫用来推进教育改革的工具，但其不仅被压制，资金也被用于支持耶路撒冷的圣约翰骑士团，为信仰而战。政府被狭隘的教权主义支配，其顶点就是将巴伐利亚的主教从大德意志宗主教区中脱离出来，直接由教皇执掌的尝试。在革命时代的前夜，巴伐利亚的社会和心理状况仍然停留在中世纪。

1792年法国革命军征服了帕拉廷，1795年，莫罗率领的法军入侵巴伐利亚本土，前进到了慕尼黑，在那里得到了一直被压迫的自由派的热烈欢迎，还围攻因戈尔施塔特。查理·西奥多对阻止战争或抵抗入侵一无所为，逃往萨克森，留下一个摄政会议，他们与莫罗签署了一项协定，他宣布停战，作为回报得到一大笔贡金（1796年9月7日）。当时巴伐利亚夹在奥地利和法国之间，危如累卵。在查理·西奥多去世前（1799年2月16日），奥地利已经重新占领了巴伐利亚，准备再次对法国宣战。新选侯马克西米连四世·约瑟夫继位时时局可谓艰难。尽管他个人和那位权倾朝野的首相，马克西米连·冯·蒙特格拉斯感情上更倾向于法国而非奥地利，巴伐利亚的财政状况和军队组织混乱，一盘散沙的现状也使其无力反抗奥地利。1800年12月2日，巴伐利亚军队与奥地利一起在霍亨林登战败，莫罗再一次占领了慕尼黑。在《吕内维尔条约》（1801年2月9日）中，巴伐利亚失去了帕拉廷以及茨魏布吕肯和于利希两公国。

看到奥地利宫廷隐晦难明的野心和阴谋之后，蒙特格拉斯终于相信巴伐利亚的利益是建立在与法兰西共和国诚恳的联盟基础上的；他成功的说服了不情愿的马克西米连·约瑟夫。1801年8月24日，巴伐利亚和法国在巴黎达成单独议和。第一执政在第三款中承诺作出补偿，在《吕内维尔条约》的第七款中规定，巴伐利亚割让的莱茵河左岸的土地会由帝国的土地，按照最有利于巴伐利亚的方式予以补偿。

在1803年拿破仑对各主教国和许多帝国自由市镇压后进行的领土重新分配中，根据条约，巴伐利亚得到了维尔茨堡，班贝格，奥格斯堡和弗赖辛主教国，帕骚的一部分，12个修道院的领地，17座城市和村庄，这些领地面积已经超过了巴伐利亚割让的莱茵流域诸边远地区。蒙特格拉斯一举使巴伐利亚成为一等强国，他在拿破仑时代颇有技巧的追求着自己的目标，一方面充分利用法国的优势地位——只要其地位尚在——另一方面也决不允许巴伐利亚像莱茵联邦的那一大批国家一样沦为法国附庸。在1805年的战争中，根据9月23日在维尔茨堡签署的联盟条约，巴伐利亚军队自查理七世以来首次与法军并肩作战，在12月26日签署的《普雷斯堡条约》中，艾希施塔特，布尔高边区，沃拉尔堡，霍恩埃姆斯和柯尼塞格-罗滕费尔斯伯国，阿尔根和泰特南领地和林道城并入巴伐利亚。另一方面，1803年得到的维尔茨堡被割让给萨尔茨堡选侯，巴伐利亚得到蒂罗尔作为补偿。在条约的第一款中，皇帝承认选侯的国王称号，马克西米连一世。马克西米连为这顶王冠不得不付出的代价就是让女儿奥古斯塔和欧仁·德·博埃尔成婚。1806年3月15日，他将贝尔格公国割让给拿破仑。

与法国的联盟对巴伐利亚的宪法也有重要影响。马克西米连本人是18世纪的“开明”君主，其宽容政策已经严重冒犯了神职人员；蒙特格拉斯是“自上而下”激进改革的忠实信仰者，1803年他还与旧国会就改革问题进行了讨论。但是1808年5月1日颁布的新宪法中的革命性变化则是拿破仑直接影响的产物。仍存在于古板的当地饮食和集会中的中世纪残余被一扫而光。法律面前人人平等，普遍的税收义务，农奴制的废除，人身和财产保障和信仰出版自由取代了古老的特权和豁免体系。在纸面上存在一个人员基础狭窄，权力极其受限的代表大会，而且它从未召开过。

1809年，巴伐利亚再次站在法国一边对奥地利宣战。蒂罗尔人起而反抗巴伐利亚当局，三次击败了试图重夺领地的巴伐利亚和法国军队。奥地利在第五次反法同盟战争中落败，在1809年的《美泉宫条约》中被迫接受更为苛刻的条件。经常被神化为蒂罗尔民族英雄的起义领袖安德列斯·霍费尔在对法国和巴伐利亚军队的第三次，也是最后一次作战中失败，1810年在曼图亚被处决。在1810年2月28日于巴黎签署的条约中，巴伐利亚割让蒂罗尔南部给意大利，其他一些小领地给符腾堡，得到萨尔茨堡的一部分，因河地区，豪斯鲁克，拜罗伊特和雷根斯堡作为补偿。蒙特格拉斯的政策是极为成功的，但是拿破仑的事业已经达到顶点了，这位精明的投机主义者已经意识到了即将发生的变化。

紧接着1812年发生了一系列事件，1813年巴伐利亚被召集参加反对拿破仑的同盟，这项要求得到皇太子路易和弗勒德元帅的热情推动。10月8日在《里德条约》中，巴伐利亚抛弃了与法国的盟约。蒙特格拉斯向法国大使宣布他曾经被迫暂且在风暴下低头，还说“法国必将有求于巴伐利亚。”

奥托二世去世后，巴伐利亚被他的儿子们瓜分为上巴伐利亚（Oberbayern）和下巴伐利亚（Niederbayern）。从这时起到16世纪，统治者来自一个家族，但各自独立。维特尔斯巴赫家族的长系（粗体字标明的）一般被简称为巴伐利亚公爵。

上巴伐利亚公爵

1340年，上巴伐利亚公爵兼神圣罗马帝国皇帝路易四世重新统一巴伐利亚。

下巴伐利亚公爵

1340年，下巴伐利亚绝嗣，公爵之位由上巴伐利亚公爵兼任。

暂时统一

1349年，路易四世的儿子们再度将巴伐利亚分裂为上巴伐利亚、下巴伐利亚和巴伐利亚-施特劳宾（Bayern-Straubing）。

上巴伐利亚公爵（第二次分封）

1363年，上巴伐利亚绝嗣，归于巴伐利亚-兰茨胡特。

下巴伐利亚公爵（第二次分封）

1375年，下巴伐利亚分为巴伐利亚-因戈尔施塔特（Bayern-Ingolstadt）、巴伐利亚-兰茨胡特（Bayern-Landshut）和巴伐利亚-慕尼黑（Bayern-München）。

巴伐利亚-施特劳宾公爵

巴伐利亚-施特劳宾与荷兰、西兰、埃诺成为共主邦联，也被称为施特劳宾-荷兰公国。

1425年巴伐利亚-施特劳宾绝嗣，被巴伐利亚-因戈尔施塔特、巴伐利亚-兰茨胡特、巴伐利亚-慕尼黑瓜分。

巴伐利亚-因戈尔施塔特公爵

1445年巴伐利亚-因戈尔施塔特绝嗣，归于巴伐利亚-兰茨胡特。

巴伐利亚-兰茨胡特公爵

1445年巴伐利亚-因戈尔施塔特并入。

1503年，巴伐利亚-兰茨胡特绝嗣，归于巴伐利亚-慕尼黑，巴伐利亚重新统一。

巴伐利亚-慕尼黑公爵

1503年，巴伐利亚-兰茨胡特并入，巴伐利亚重新统一。

巴伐利亚公爵

1623年，由于在三十年战争中忠于神圣罗马帝国皇帝，巴伐利亚公爵马克西米利安一世被封为选侯。