就在上皇紧锣密鼓地进行讨幕准备的过程中，1219年（承久元年）正月，源实朝被源赖家之子公晓杀害，源氏将军断绝，公、武之间的缓冲地带消失。按之前达成的默契，幕府在这种情况应该请朝廷任命一名皇族当征夷大将军（即“亲王将军”），但执权北条义时却迟迟没有这么做，上皇遂替换宠姬伊贺局龟菊的领地摄津国长江、仓桥两庄地头，以试探对手的反应。但北条义时命弟弟北条时房率千骑上洛，按照幕府的根本方针，传话称不会答应地头职改补的要求（按照慈光寺本《承久记》，两地头都是北条义时的人）。在围绕下任将军的博弈中，决定源赖朝的远房亲戚三寅（九条道家之子，元服后改名九条赖经）为镰仓殿的后继者。公武双方由此都见识到对方的强硬姿态，关系更加不睦。

1219年（承久元年）七月，后鸟羽上皇命西面武士诛杀大内守护源赖茂，由此可见上皇的讨幕计划迅速具体化。到了1221年（承久三年）四月二十日，后鸟羽上皇让顺德天皇禅让于其子仲恭天皇，在以备万一的同时，也能得到新上皇的协力。在一切安排妥当后，他终于起兵讨幕。

1221年（承久三年）五月十四日，后鸟羽上皇在鸟羽城内称“流镝马汰”，集合东起美浓、西至但马的十四国兵1700余骑，又召集京畿诸寺的僧兵。十五日颁布宣旨和院宣，讨伐北条义时，并将全国的守护、地头（幕府御家人）置于院厅的统制之下，同时袭击不理会上皇集结令的京都守护伊贺光季，杀了他祭旗，幽禁亲幕府的西园寺光经父子。

伊贺光季被杀前和西园寺光经的家司三善长衡紧急派人于五月十九日赶到镰仓，报告上皇起兵讨幕的消息，北条政子号召御家人团结起来，同时接受大江广元的建议，直接派遣西征军，对信浓、远江以东十五国的御家人下达动员令。

幕府军以北条泰时、北条时房等为大将军，主力由东海道军十万骑、东山道军五万骑、北陆道军四万骑、共计三军十九万余骑组成，指挥上也占优势。而所谓“官军”则不过两万数千人，由后鸟羽院的近习、北面武士、西面武士、检非违使、院分国、院领兵士、关东逃脱者、部分僧兵、多数西国武士（在京御家人）组成。在这些兵力中，最受瞩目的是西国守护的动向。实际上，除了九州以外，西国三十二国有十八国守护支持上皇，有四国支持幕府，其余动向不明。然而除了淡路国等极少数以外，并不能有组织地动员所辖国的御家人。上皇的军队不仅人数少，而且缺乏统率指挥的人才，其败北的结局在开战前早已注定。而且讨幕之事只在上皇和他的少数亲信中谋议，并未得到全体公家的赞同。在院司中也有一部分人持强烈异议。

举兵之初，上皇一方非常乐观，期待幕府不战自溃，却不讲求有效的实战对应策略。接到幕府大将西征的报告，上皇深感失算，急派藤原秀康、三浦胤义赴美浓迎战，六月初五、六日与幕府军交锋，一触即溃。在加贺的战斗也同样如此。上皇亲自率兵登比叡山，要求僧兵协助，但没有如愿，于是在宇治、势多尝试最后一战，然而防线还是在六月十四日被突破。翌日，幕府军占领京都，结束承久之乱，此时距上皇起兵只有一个月。

承久之乱结束后，讨伐北条义时的宣旨、院宣被撤销，后鸟羽上皇对北条泰时传旨称变乱责任在谋臣而不在自己。但幕府还是采取了处罚天皇这种空前的措施，将后鸟羽上皇流放隐岐，他的四个儿子土御门、顺德两上皇和六条、冷泉两宫分别流放上佐、佐渡、但马、备前（土御门没有参与谋议，是自愿流放）。幕府还拥立后鸟羽上皇之兄行助入道亲王为法皇，号后高仓院，随即废仲恭天皇，立行助入道亲王之子茂仁继位，是为后堀河天皇。被指为承久之乱首谋者的藤原光亲、藤原宗行、一条信能、高仓范茂等后鸟羽院近臣被捕，在押送镰仓途中被斩或自杀，只有坊门忠信作为源实朝的姻亲而保命。藤原秀康、二位法印尊长逃亡后被捕，后遇害。后藤基清、五条有范、佐佐木广纲等在京御家人被枭首。院方参加者的领地三千余处被幕府没收，让出身东国的御家人充当这些领地的地头，称为“新补地头”。通过一连串的处置，幕府得以大大加强对西国的渗透与控制。与此同时，200多处后鸟羽院的领地被移交后高仓院，而进止权则留给幕府，从而压制了院政的经济基础。

进军京都的北条泰时、北条时房在乱后仍驻扎六波罗，负责监视朝廷、警固洛中和统制西国御家人，于是有了六波罗探题这个职位，取代之前的京都守护。幕府势力便凌驾于朝廷之上，幕府的意向对皇位的继承、庙堂的人事具有决定性的权重。

由于北条氏赢得了承久之乱的胜利，其在幕府的政治主导权正式确立起来。尽管很多在京御家人在乱中背叛幕府，但这一制度依然维持。这反映出即使北条义时也不能轻易否定当时的军事、政治、经济结构。

对于在乱中严守中立的贵族和寺社，幕府一般表现出宽容、温和的政策，他们作为庄园领主的地位基本不受打击，继续得到保障。幕府在乱后作为在地领主（武士）和庄园领主（贵族、寺社）之间的调停者的机能反而强化。

北条义时死后，北条泰时回到镰仓，继承执权之位，于1232年（贞永元年）制定《御成败式目》，与评定众制度一起作为显示执权政治成型的象征。

承久之乱在当时震动朝野的大事件。乱后二年，《海道记》的作者用“呜呼！寒心哉（さてもあさましや）”来回顾这个事件。甚至有一段时间说到“军”（いくさ）就会让人联想承久之乱。最详实记录承久之乱经过的《承久记》对后鸟羽上皇持批判态度，而对北条义时则抱有好感。此外，慈圆写《愚管抄》的动机也是为了谏止上皇的讨幕计划。上皇举兵本身非但得到摄关家的同意，而且仅在自己极亲近的小圈子里谋议，由此遭到惨败，所以《吾妻镜》等武家立场的著作自不必说，公家社会内部批判后鸟羽上皇的论调也是从一开始就不在少数。

到了南北朝时代，《增镜》用“寒心”“痛惜”这类词语来评论承久之乱，不加掩饰地表现出公家普遍的心情。北畠亲房则在《神皇正统记》中承认北条义时“不负人望”，并断言上皇追讨他的行为是“上之咎也”，这也是另一个角度的事实。后来，新井白石在《读史余论》中引用了北畠亲房对于承久之乱的评述，最后写道“后鸟羽院非可受天下之君之器，不可共语德政”，这句话引发了争议。不过在另一地方，新井白石又说“本朝古今第一等之小人，不及义时”。

近代史学确立以后，尤其是天皇制禁忌消失的第二次世界大战以后，第一个对这个课题进行了正式考察的上横手雅敬认为，从幕府的立场来说，承久之乱规定为“建立新的专制统治的一种反动”。黑田俊雄也表示，承久之乱是权门之间的争斗，没有新体制对旧体制的胜利的意义，站在与上横手相近的立场。与之相对，石井进则强调了武家政权的发展、东国对西国的胜利，高度评价了承久之乱的意义；田中稔精确考证了乱后的新地头补任地，从其结果明确得出结论：在承久之乱中获益的是东国的御家人。但是根据上横手自己的说法，上述见解并不一定是矛盾对立的，反倒属于强调点的差异。此外，贯达人还表示，以承久之乱为界，“治天之君”的权限转移到了关东。上横手对此提出了修正意见。另一方面，网野善彦从所谓的“东国·西国国家论”的立场来评价承久之乱。

总体来说，关于承久之乱的研究，不得不说是在日本历史上著名事件中比较少的。在这种情况下，举兵时后鸟羽上皇的政权构想在何种程度上存在，是一个可以深入探讨的课题。在追讨义时的宣旨、院宣中，主要可以归结为两点：（一）废除执政政治；（二）将幕府御家人置于院厅的控制下。这并不意味着立即摧毁幕府体制，而且如《承久记》记载的那样，院方允诺以任命为“日本国总追捕使”为诱饵来引诱三浦义村。承久之乱中取得胜利的幕府仍然让院政和在京御家人的制度得以存续，而如果上皇的举兵成功了，是不是就企图废除关东的幕府、实施一元化的统治，也有很大的检验空间。在理解当时的政治、社会、军事等构造并与建武新政的政策进行比较研究的基础上，这也是有待阐明之处。