1948年，朱尊权在肯塔基大学毕业，并留在美国魏禄教授烟草试验室工作。

1950年1月，朱尊权回到中国，进入华东工业部烟草组（国营中华烟草公司）工作（至1952年1月）。同年11月26日，朱尊权和姚雪英在上海结婚。

1951年，中华牌香烟投产。

1953年1月，朱尊权担任上海烟草公司技术室第一副主任（至1956年1月）。

1956年1月，朱尊权担任食品工业部烟草工业研究所第一副主任（至1958年1月），参加国务院主持制订的“国家十二年（1956—1967）科技发展规划”，具体负责轻工业研究课题中有关烟草工业的部分。。

1957年，朱尊权作为特邀代表参加了全国轻工业先进生产者大会。

1958年5月，轻工业部根据工作需要，将朱尊权所在的烟草研究室扩建为研究所，并由上海迁往郑州。他是所里负责技术工作的副所长（至1988年1月）。

1962年，朱尊权作为起草烤烟国家标准的主要负责人，在16级标准的基础上，将烟草分级定为17级。

1966年，朱尊权被批判为资产阶级反动学术权威，在河南省扶沟县练寺公社参加“斗批改”。

1968年，朱尊权下放到襄县乔庄劳动，两个月后被调到襄县郝庄。

1969年，朱尊权开始长期在长春烟厂帮助改进人参烟的工艺，对烟厂所用的红晒烟提出改进办法。

1977年，朱尊权重新走上工作岗位，恢复副所长职务，分管业务工作。

1979年7月底，轻工业部组成六人团赴美考察，朱尊权任副团长。从美国考察回来之后，开始研究卷烟降焦减害的问题。

1980年，朱尊权赴菲律宾参加CORESTA举办的烟草国际科技会议。

1984年1月，朱尊权担任中国烟草总公司郑州烟草研究院名誉所长（至1988年1月）。7月加入中国共产党，成为一名党员。

1988年1月，朱尊权担任中国烟草总公司郑州烟草研究院名誉院长（至2012年7月）。同年10月，朱尊权参加CORESTA在意大利西西里岛托尔米那召开的国际烟草科学大会。

1992年9月，朱尊权到云南省烟草科学研究所考察，对云南烟草科研及生产提出了意见。同月，中国烟草学会创办《中国烟草学报》，朱尊权任主编。

1996年，中国烟草总公司与美国菲利普.莫瑞斯公司合作开发优质烟叶，朱尊权担任中方技术顾问。

1997年，朱尊权当选中国工程院院士，隶属于环境与轻纺工程学部。

2009年，朱尊权向国家局提出了在全国范围内开展提高上部烟叶工业可用性技术试验示范验证的建议。

2001年，朱尊权被授予河南省科技功臣。

2012年7月16日，朱尊权因病医治无效，在郑州逝世，享年93岁。

建国初期，朱尊权主持研究利用国产烟叶生产卷烟配方技术，烟叶快速发酵技术，形成一套卷烟工艺路线，缓解了当时困难。改革开放后，主持研究降焦原理，研制“821”低焦油混合型卷烟，组织利用中医药资源发展新混合型卷烟以减少吸烟危害性。1985年后主持中美合作改进烟叶质量。

朱尊权主持研究分析美国烟叶香味的特点及其在叶组配方中的作用，结合“中华”牌卷烟配方要求，提出了烤烟香型分为三种类型：一是浓香型；二是清香型；三是中间型。烤烟香气的这种划分，对于指导中国卷烟配方起了一定作用。另外针对当时中国国内烤烟产量不足，为了缩短醇化期，又不影响卷烟质量，他和同事们研究引进东欧晒烟人工高温快速发酵技术以应急需，主持研究设计的发酵室及其工艺技术，轻工业部在全国组织推广，形成了一套中国特有的卷烟工艺技术。

朱尊权开发低焦油卷烟，减少吸烟对健康的危害。为了降低卷烟焦油减害，朱尊权于80年代初自力更生主持研究出利用机械打孔稀释烟气技术的《821》低焦油混合型卷烟，减少了吸烟对健康的危害。同时他利用中医中药传统资源对吸烟者健康有益的原理，将一些中药成分在燃烧过程仍能进入烟气，在全国推动了对健康有一定辅助作用的新混合型卷烟的生产。

朱尊权推动和参与国际间烟草学术活动和交流。1988年在广州召开了第9届国际烟草科学大会（CORESTA），有400多位国际烟草专家参加，朱尊权为大会的举办做了大量工作，并在会上做特邀学术报告，当选为该届CORESTA科技委员会委员。

截至2012年7月，朱尊权承担的多个项目先后获得轻工业部、中国烟草总公司科技进步奖。

朱尊权参与、举办培训班，为全国烟草行业培训、传授烟叶质量和配方技术。自1982年起指导培养硕士研究生，特别是为国家教委将郑州烟草研究院确定为硕士研究生培养单位的工作中起到了组织领导作用。

朱尊权还应聘为中国农业大学、河南农业大学、郑州轻工业学院等四所院校的客座教授和名誉教授，并指导培养博士、硕士研究生，为烟草行业培养了一大批不同层次的专业技术人才。

1955~1957年，朱尊权连续负责三期全国烟草技术干部培训班组织工作并讲授烟叶品质鉴定和配方的课程。1965年在许昌举办针对农业专科毕业生的培训班，开展烟草化学方面研究。1985年，为郑州烟草研究所培养中国轻工业科学院研究生资格。

朱尊权从事烟草科技工作半个世纪，长期在农业第一线、工业企业、科研单位从事科技研究、指导生产、著书立说、带研究生、推进国际科技交流与合作、引进先进技术和思想等工作, 专业领域涉及农业、工业、管理、化学、工艺、设备，表现出渊博的学识和驾驭科技工作的能力，取得了丰硕的成果和显著的社会经济效益。特别是学风道德水准，在行业科技工作中堪称表率和楷模。他热爱祖国、投身科技、无私奉献的精神和治学严谨、谦虚谨慎、敬业求实的工作作风，对行业精神文明建设起到了重大的推动作用，是中国烟草科技工作的奠基人之一和中国烟草行业科技工作的带头人，为中国烟草事业的发展做出了卓越的贡献。（中国烟草总公司郑州烟草研究院评）

“朱尊权是共和国建设的重要参与者，也是新中国科技发展历史的亲历者和见证者，他们的学术成长历程生动反映了近现代中国科技事业与科技教育的进展，本身就是新中国科技发展历史的重要组成部分。”（原中国科学技术协会主席韩启德评）

2016年11月15日，为深切缅怀朱尊权院士，郑州烟草研究院建设完成朱尊权院士纪念园，并举行了简朴的开园仪式，纪念园位于郑州院院内东南角，以“往事皆烟”为主题，由园名碑墙、主碑浮雕墙、浮雕纪念墙等构成，占地近500平方米。