玛丽在布鲁塞尔的科登堡出生，是时任夏洛莱伯爵大胆的查理和夏洛莱伯爵夫人伊莎贝尔·德·波旁的女儿。根据宫廷年代记编者乔治斯·夏特兰的记录，伴随着玛丽的出生，原本晴朗的黄昏天空中响起了一声劈雷。她的教父是当时流亡勃艮第的法国王太子路易（后来的法国国王路易十一），他以母亲玛丽·德·安茹的名字将她命名为玛丽。各方对于玛丽的出生反应不一，玛丽的祖父，时任勃艮第公爵菲利普三世对此不以为然，并且“选择不参加[洗礼]因为她只是一个女孩”，但是，玛丽的祖母葡萄牙的伊莎贝尔则很高兴有了个孙女。菲利普三世的非婚生女安妮成为了玛丽的家庭教师。

当菲利普三世于1467年去世后，玛丽的父亲接管了勃艮第公国。由于其父即位时没有在世的儿子，因此，玛丽成为了父亲的假定继承人。她的父亲统治着一个由勃艮第公国、勃艮第自由县和大多数低地国家组成的广袤且富有的领域。因此，玛丽成为了众多王子热切寻求的结婚对象。玛丽五岁时，其父接受了未来的阿拉贡国王费尔南多二世的求婚。玛丽后来还与法国国王路易十一的弟弟，贝里公爵夏尔·德·瓦卢瓦谈婚论嫁，路易十一知晓此事后火冒三丈，他还试图阻扰他们获取因血亲婚姻而必须获得的教宗特赦。但当路易十一的继承人，未来的法国国王查理八世出生后，路易也希望他能迎娶玛丽，尽管两人相差十三岁。比玛丽大几岁的洛林公爵尼古拉一世统治着与勃艮第公国相邻的洛林公国，他计划通过与玛丽结婚将两人的领土合并，但尼古拉在1473年战死，该计划最终流产。