约瑟夫·邓福德大学毕业后即从军，先后担任多支部队的指挥官，其中最知名的是指挥在2003年伊拉克战争期间第一支进入伊拉克的美军地面部队——海军陆战队第一远征队下属的第五团。

2003年伊拉克战争中担任第5陆战团团长。

2009年5月，邓福德指挥第一海军陆战远征队，在不到一年的时间里，他又被提升到助理指挥官一职。

2010年10月23日晋升上将，担任海军陆战队副司令，2013年2月10日担任国际驻阿富汗部队总司令，兼驻阿美军司令。

2014年6月5日，奥巴马总统提名约瑟夫·邓福德海军陆战队上将担任第36任海军陆战队司令，接替退役的阿莫斯上将，提名于7月23日经参议院通过，约瑟夫·邓福德于10月17日就职。2014年10月17日至2015年9月24日担任美国海军陆战队第36任司令。