蒙古国科学院，（英文名称Mongolian Academy of Sciences），成立于1961年，其前身是1921年11月19日根据人民政府令成立的“经书院”，是国家为发展科学、学术研究和先进技术为目标而设立的机构。有17个研究所（中心）、1所大学、9家科研生产集团。科学院的最高领导机构为全体院士大全，大会休会期间，由院长、副院长、学术秘书及其他成员共同组成的主席团领导日常工作。大会下设医学、生物畜牧学、地质物理学、社会科学、技术工艺和物理、数学与化学小呼拉尔（会议）。科学院是国际科学理事会正式会员。与25个国家的研究机构签有合作协定，每年派出120多名研究人员赴国外进修。

科学院下属研究所包括：物理、天体、信息、生物、地质生态、化学等自然科学方面的10个研究所以及文学研究所、历史研究所、哲学、社会学与法律研究所、国际研究所、国家发展研究所、社会经济研究中心（设在巴彦乌勒盖省）、国际游牧文明研究所。 科学院还间接监督全国50多个科研院所。