2012年随铁路法院整体改制与铁路企业分离，湖南省内铁路运输法院整体移交给湖南省属地管理，纳入国家统一司法管理体系，衡阳铁路运输法院直属湖南省高院，人财物由湖南省财政保障，所管辖案件中涉铁路运输刑事、民事案件上诉法院为广州铁路运输中级法院。转制移交之后，衡阳铁路运输法院管辖范围包括湖南省衡阳市、郴州市、永州市等地与铁路有关的单位和辖区，受理辖区内铁路公安机关侦查、铁路检察机关侦查并提起公诉的刑事案件、发生在辖区内符合刑事诉讼法规定的自诉案件，受理辖区内与铁路运输有关的民商事纠纷案件和执行案件，2017年5月1日起，经最高人民法院指定管辖，受理衡阳市珠晖区、石鼓区两区范围内的机动车交通事故责任纠纷案件、衡阳市范围内的环境资源案件两类一审民事案件，受理湖南省高级人民法院指定的其他民事案件、执行案件。2019年5月1日起，根据最高法院的批复和湖南省高院的改革方案，集中管辖衡阳市范围内原属各区、县、市（县级）人民法院管辖的一审行政案件，其中机动车交通事故责任纠纷案件、环境资源案件、行政案件上诉法院为衡阳市中级人民法院。