酶氧化降解有两种，一种是脱羧降解，汤玉玮和J.Bonner（1947）首先从豌豆幼茎的提取液中发现了能使IAA失活的酶，命名为IAA氧化酶。该酶是一种含Fe的血红蛋白，以Mn2+和一元酚为辅因子。降解产物包括CO2和3-亚甲基羟吲哚等。目前已知，各类植物来源的POD同工酶都能催化IAA的氧化脱羧反应。另一种是不脱羧降解，其特点是氧化降解酶中保留了IAA侧链的两个碳原子，如羟吲哚-3-乙酸等。