正德二年（1507年），邝璠因为母亲的丧事回家。办完丧事后，改任河南府同知。起初，河南有督驿传马价到吴地的，邻居偷了其中的一百金，用砖匣替换，封条依旧，导致失主找不到钱，且已过去一年。邝璠查验了邻居家的炉灶，发现有取砖的旧痕迹，与所换砖匣吻合，于是盗贼服罪，邮送到河南。所以河南人听说邝璠的事迹后，都对他非常敬仰。

正德六年（1511年），邝璠升为瑞州知府。当时盗首陈福一等人在华林寨聚集，率众来犯，邝璠亲自穿上盔甲登上城楼抵御，毒箭如雨下，他杀死了三十多人。贼人放火并逼近城楼，邝璠祈祷天风反吹，贼人于是退走，追击数十里，抓获了很多人。总制都御史陈金对他的功绩感到惊奇，上报了他的功绩。于是开始筑城挖护城河，坚守计策。又在城东的高地上建了明远楼和演武亭，按时训练士兵，严明赏罚，精锐的士兵越来越多。

正德七年（1512年）六月，邝璠率众攻打华林，分别命令下属在渚岭、绕城、南北岭等地扎营，并命令乡民按地域分守。适逢抓到贼人的间谍，斩首示众，并焚烧了附近的贼人聚集点。贼人大为恐惧，于是分散到玛瑙山、仙女岭，邝璠又率军围攻，擒获和斩杀的人数不胜数。陈福一等人走投无路，率领妻子儿女投降。邝璠立即派降者攻打其余的贼人，自己跟在后边，鼓声大作，连战连捷。总共打了大小一百多次仗，邝璠两次面临生死危险，仆人因勤劳而死。当时饶州的姚源盗匪猖獗，提督都御史俞谏又命令邝璠前往剿灭。邝璠提兵夜入三十里，贼人侦知后说：“瑞州的军队到了。”于是互相告诫不要轻举妄动。第二天贼人全军来犯，邝璠挥兵奋勇出击，斩首数百人。参将桂勇与邝璠连营，也佩服邝璠的神速。回到瑞州后，瑞州的盗匪又纠集了一百多人，使用异术蛊惑民众，邝璠歼灭了他们。御史将此事上报，明武宗下旨嘉奖。瑞州府靠近锦江，春夏时节江水上涨，经常淹没两岸的房屋。邝璠查明了原因，是市河被豪强侵占，于是竭尽全力疏通，水患就消除了。学宫被贼人毁坏，邝璠修复了旧的建筑并新建了锺秀、进贤、昭文三楼，还拓展了仓库的地址，建造了官署和学堂。又建了筠阳书院，聘请了经师来教导学生。还扩建了数十间牢房，使囚犯避免了死于狱中。处置了狡猾的官吏和奸民，狱吏滥用权力的风气有所减弱。

正德十年（1515年），邝璠考绩北上，汪凤等人趁机作乱，邝璠立即将他们全部在市集上处决。当时朱宸濠因为亲王的身份而恃宠而骄，剥削郡县。新昌县（今江西宜丰）的刘氏以富有闻名，朱宸濠贪图他的财富，派校尉持伪造的债券去索取。邝璠秘密命令刘氏反抗并殴打校尉，校尉一无所获，于是到邝璠那里去告状。邝璠说：“他敢反抗亲王，何况是郡吏呢？我本来就是安定百姓的，华林的盗贼刚刚平息，怎能再激怒朱宸濠使他生变呢？”朱宸濠听后非常愤怒，想找邝璠来泄愤，但邝璠坚决不屈服。邝璠又救了一个因非罪而触怒朱宸濠的贤者，并庇护了他的姻友，使他们免遭连累，数十家因此得以保全。

正德十二年（1517年），朱宸濠唆使当权者罢免邝璠。邝璠说：“我救了瑞州百万生灵，功成身退，还有什么可惭愧的？我会坐看这些人自取灭亡。”瑞州的民众听说邝璠要离开，都彷徨失措，如同失去了父母一样，于是建立了祠堂并塑像来供奉他。

邝璠在家乡居住数年，仍然不断有人前来慰问和赠送礼物。邝璠精通吏事，但总是以儒家的精神来装点自己，彬彬有礼，十分可观。晚年归家后，也只是以饮酒作诗来自我娱乐。他建了阿陵书院，每天教导三个儿子和族人，他们都才华出众，前途不可限量。他性格孝顺友善，终身与兄弟相爱不衰。为官近三十年，从未过分地追求自己的利益。与人交往，能洞察人心，言谈爽直，风格高洁。他的施政以爱民为主，始终不懈。在道义上认为不可为的事，即使与时势相违，也不阿谀奉承以求自保。所以虽然被朱宸濠中伤，但君子们都深感惋惜。

正德十六年十二月十七日（1522年1月14日），邝璠在家中去世，享年六十四岁。

嘉靖元年（1522年），邝璠的儿子邝涛上书朝廷陈述邝璠在任瑞州知府时讨伐贼寇的功绩，请求兵部尚书彭泽核实功绩，并参照赏赐的等级，说是有未报的遗愿。明世宗追赠邝璠为江西布政使司左参政。

邝璠一生历职地方，其在各地的为政功绩如下：

邝璠所著《便民图纂》内容包罗万象，对农民的生产、生活很有帮助，是一部影响较大的农学著作。

《便民图纂》一书，主要记述了吴地农业生产、食品、医药、日常生活以及风俗民情等各个方面。不仅内容丰富，图文并茂，而且书中内容都可以说是适合于农民日常应用的。其内容庞杂，实用性强，而且非常“便民”，对江南地区农业生产、农民生活具有很强的指导意义。无论在农学科技上，还是在农学史上都有重要影响。其主要成就有：

杨循吉：聪察勤政，无绩不兴，久任民和，近代之最。（《长洲县志》）

费宏：公精于吏事，而每以儒缘饰，彬彬可观……与人交，洞见肝膈，而言议爽迈，风格出尘。政主于爱民，终于靡懈。义所不可，甘与时忤，不阿狥自全计。故虽逆党所中，而君子则深惜之。（《瑞州府知府赠左参政邝公璠墓表》）

康海：瑞州太守邝廷瑞，瑞至之日贼乃鸷。手无寸铁兵卫空，健儿闻惊皆逃避。郡吏不敢更趋承，苦谏当虞身后事。四境安危系此身，太守一逃何以徇。当衙一呼士争奋，始信英雄气有神。贼兵星散城已保，转顾因知寇所巧。樊破毁栅敛近民，贼失所资如逝鸟。至今瑞郡立生祠，君与刘周如在兹。丈夫寻常薄钟鼎，毁誉升沉何足疑。嗟嗟贝锦者谁子，谤君翻使君名起。盖棺事定古所传，才去几时民若此。天道恢恢监独明，区区庶子胡为尔。（《瑞州太守行》）

钱福：侯（指邝璠）素称稽古尚文。（《重刊吴越春秋序》）

按照《明史》的说法，邝璠著有《便民图纂》十六卷。

《便民图纂》的编者在学界内一直存有争议，嘉靖本著录为无名氏撰，万历本著录为邝璠。

明人汤沐的《公余日录》最早提及《便民图纂》的编者是邝璠。汤沐是弘治九年（1496年）进士，次年（1497年）授崇德知县，在任六年，后召为御史。即弘治十年（1497年）至弘治十五年（1502年）在崇德县任县令，而彼时邝璠亦在吴县任上，崇德、吴县两地距离很近，中间仅隔着吴江、桐乡两邑，所以根据汤沐的材料，可以找到比李涵的序更早的证据证明邝璠是《便民图纂》的撰者，但这也还不是直接的证据。

在祝允明于弘治十五年（1502年）七月撰写的《吴县令邝君遗爱碑》中发现直接史料证明《便民图纂》即为邝璠在吴县时所编。弘治十五年（1502年）祝允明正在其家乡吴县居住准备会试，恰逢邝璠在此地任父母官调任至徽州，所以当地百姓顾念邝璠在此地为官时期的仁政，为其刻碑，让乡贤祝允明执笔为其撰写碑文，此碑文足以证明《便民图纂》确系邝璠在吴县所编。邝璠是《便民图纂》撰者亦可在明代其他史籍中找到旁证，在明代记载湖州历史掌故的《苕记》中，该书作者张睿卿提到邝璠为《便民图纂》作者。因此，《便民图纂》作者是邝璠。

嘉靖三十一年（1552年）贵州刻本有左布政使司李涵之序，序中记载“邝廷瑞始刻于吴中、吕经又刻于滇省。”清《天一阁书目》对此也有类似记载：“明陈惟一编、欧阳铎序，嘉靖六年冬翻刻，吕经序，原本出三厓欧氏若托，始则任丘邝廷瑞氏，选刻于吴者。”清代张元济的《涵芬楼烬余录》亦言：“吕经翻刻叙中，则仅云邝氏选刻于吴。”这些文献“始刻于吴”和“选刻于吴”的记载都证明了邝璠付刻过此书，但这并不能说明邝璠就是本书的编者。清代钱曾在《读书敏求记》中也有所记载，题曰：“《便民图纂》不知何人所辑，镂版于弘治壬戌（1502年）之夏。首列《农务》、《女红图》二卷，凡便民者，莫不俱列。”从此段介绍来看，钱曾并未著录此书编者而是记载为“不知何人所辑”。邝璠为弘治六年（1493年）进士，弘治十五年（1502年）后于弘治六年（1493年）九年，时间上看，钱曾所见到的版本可能就是邝璠在吴地刊刻的本子。

日本学者天野元之助在《中国古农书考》谈到此书，对本书的最初刊刻者是为邝璠的观点提出了质疑，据他所言日本内阁文库藏有江户时代的十六卷三册本，此本是从初刻本中抄下来的，其中载有弘治壬戌（十五年，1502年）序文，序文云“信丰曾尹手是书，告予以真有于便民者，欲绣诸梓以为民便，……予深嘉之，因书以弁其首”。再根据邝璠“治七年知吴县……十二年升徽州府同知”的经历，邝璠于弘治七年（1494年）至吴地上任，《便民图纂》的镂版于“弘治壬戌（十五年）之夏”，然而邝璠在弘治十二年（1499年）已经升为徽州府同知，不在吴地作官了。因此，邝璠不是《便民图纂》的编者。