此后，在各省、自治区、直辖市和穆斯林分布较多的市、县也建立了地方性的伊斯兰教协会，管理教务。同时，出版、发行《中国穆斯林》杂志，印行《古兰经》、圣训、教法等多种伊斯兰教典籍计100多万册。为有计划地培养年轻一代阿訇、毛拉等教职人员，1955年在北京创办了中国伊斯兰教经学院，后又在新疆、宁夏、昆明、兰州、郑州、青海、沈阳和北京市等省(区)也办有地区性的经学院8所。据统计，全国有大小清真寺约37000多座，阿訇、毛拉等教职人员约计4万余人。

从1970年代后，国家进一步落实宗教政策，平反了冤假错案，修复开放清真寺、拱北和道堂，宗教文物古迹受到保护，一大批穆斯林爱国宗教上层人士和学者，分别在各级人大、政协和伊协团体中任职。经过社会改革和落实宗教信仰自由政策，伊斯兰教在中国同其他宗教一样，与社会主义社会建立了相协调关系。伊斯兰教界人士的思想面貌发生了根本变化，成为爱国统一战线的一部分。广大穆斯林爱国爱教，过着正常的宗教生活。每年的开斋节、古尔邦节和圣纪节，政府规定给穆斯林放假，各地在保证物资供应和庆祝活动等方面都予以照顾。穆斯林的风俗习惯受到尊重，各地多设有专门的穆斯林丧葬服务处，并划出专用土地作为公墓。随着中国改革开放的深入发展，各族穆斯林地区社会稳定，经济不断发展。每年前往麦加朝觐的人数不断增加，在平等友好的基础上同伊斯兰国家及其他宗教团体的友好交往日益频繁，伊斯兰学术文化交流活跃，增进了国内外穆斯林之间的了解和友谊。

2001年4月23日，中国伊斯兰教教务指导委员会在北京成立。该委员会为中国伊斯兰教协会的专门委员会，由爱国爱教、德高望重、代表中国伊斯兰教最高宗教学识和经学水平的大阿訇、大毛拉组成。其宗旨和任务是：在法律和政策范围内，依据伊斯兰教经典，对伊斯兰教教义教规作出权威性的符合时代发展要求的准确解释，编写讲经范本，提高伊斯兰教教职人员水平，规范讲经内容，反对利用伊斯兰教搞宗教极端主义，积极引导伊斯兰教与社会主义社会相适应。

伊斯兰教传入中国后，在其发展过程中逐渐形成五个教派，即格底木教派、虎非耶教派、哲合林耶教派、格底林耶教派、伊合瓦尼教派。这五个教派的基本信仰都属逊尼派，其教规律法又都崇信逊尼派的哈乃飞学派。

清代中国穆斯林中形成许多著名的门宦。门宦是清代对苏非教团的意译，现代学术界所谓的中国伊斯兰教门宦制度，则指发展得比较充分、比较典型的苏非教团的组织管理方式。门宦制就是教主制，每个门宦都有一个被神化了的世袭教主，他既是门宦的精神领袖，又是世俗领袖。在宗教遵行方面，门宦不太重视教乘的五功，而专注于教乘的静修与参悟，尤其沉湎于念诵齐克尔(祈祷会)。门宦认为，只有修炼道乘，才能接近真主。各门宦的功修方法均较独特，大都秘不外传。

格底木

格底木是阿拉伯语，意为古老的和尊古的，即：符合圣行的大众的道路。该派是中国伊斯兰教最古老的一派，源于阿拉伯地区的逊尼派。约有二分之一的宁夏穆斯林皈依此派，尤以泾源、西吉、固原、同心、灵武、平罗各县和吴忠、青铜峡市最为集中。此教派实行互不隶属的单一教坊制，教权结构较为楹散。其教坊通常以一个清真寺为中心，寺中设开学阿訇、治坊阿訇、二阿訇、掌学阿訇等，开学阿訇是教坊的最高首领—伊玛目，主要职责是率众礼拜、开经霁学、传授经典、执掌教规教法、料理宗教事务。在长期的发展中，此派受汉族儒家思想影响，一些宗教仪式中可见有汉族习俗痕迹。

虎非耶

虎非耶为阿拉伯语，意为悄悄的、暗暗的、低声的。该派主张低声念诵齐克尔，所以又称低念派。虎非耶教派念记主词时，要停止呼吸，连续不断地低声默诵。其修行人员多是一种巡游的苦修者，通常没有固定的行教区，也没有隶属的教坊和清真寺。该派支系甚多，互不统属，各自为教。清末以来，宁夏地区形成了洪门、鲜门、通贵三个门宦。洪门门宦的创始人是同心县人，传统的中心地在同心县的洪岗子，故称洪门。鲜门门宦已有二百多年的历史，首领称太爷，其第一代太爷姓鲜，故称鲜门，传教中心在西吉县的前岔。通贵门宦民国初年创始于贺兰县通贵乡，以地点得名，其传教区主要在贺兰、永宁、平罗诸县。

哲合林耶

阿拉伯语哲合林耶（即：哲合忍耶）意为公开的、响亮的、高扬的。该派主张高声念诵记主赞圣词，此与虎非耶教派正相反，故又有高念派之称，哲合林耶教派形成于清乾隆年间，其创始人马明心(1719～81年)字复性，又名真卫，经名伊卜拉欣，道号维朵耶.屯拉海(意为维护真主之道的人)。他在雍正年间曾在也门沙孜林耶道堂留学，回国后在循化、河州等地传授哲合林耶教旨。清代，哲合林耶曾掀起数次大规模的武装行动，以金积堡为中心的西北回民反清首领马化龙就是其第五任教统。二十世纪初叶，哲合林耶教派的教徒，仅在宁夏就达11万人，曾是规模最大、影响最广的教派。这一教派在宁夏的门宦主要有两个，即沙沟门宦和板桥门宦，前者又称北山派，后者又称南川派。沙沟门宦的传教根据地在西吉县沙沟，教众主要分布在西吉、海原、固原、泾源等县和吴忠市。板桥门宦的传教根据地在吴忠的板桥，教徒主要分布在吴忠、灵武、固原等地。该教派因曾多次抗清，均被清廷镇压，遭到血腥屠杀，故此常自称为血脖子教门。

格底林耶

阿拉伯语格底林耶意为大能者。该派受佛教、道教影响较重，主张通过静修参悟、诵念“无字真经歌”达到认主的目的，所以又有清真和尚、清真道士的别名。相传该派源于苏非派卡迪里教团，在中国的创始人相传为穆罕默德的二十九世后裔和卓阿布都.董拉希。宁夏的格底林耶教派主要分为韭菜坪门宦和齐门门宦，前者以韭菜坪(今海原李俊乡)拱北为中心，教徒主要分布在固原地区；后者教徒主要分布在固原县七营、梁家堡和同心县的石岑等地。

伊斯兰教反对偶像崇拜，所以清真寺内没有任何由人形和动物形组成的偶像图案。寺内装饰大多以阿拉伯文、几何图纹和花卉画纹组成抽象图案为主。中国的清真寺有两种类型，一是殿堂式清真寺，具有中国传统建筑风格，多采用四合院式，一条中轴线贯穿始末，礼拜大殿有起脊的屋顶，大殿平面一般有三种形状，如凸字形、工字形、矩形等。寺门大多与中国寺庙式大门类似，这是与中国文化结合的产物。另一类是阿拉伯式清真寺，外观造型为穹顶式建筑，大殿上一大四小半圆形绿色穹顶，顶上一弯银白色新月。但新疆的清真寺大殿一般为平顶结构，门楼高大或有尖塔与拱状大门相连，木、砖、石装饰具有阿拉伯风格。

伊斯兰教对各穆斯林民族的历史文化、伦理道德、生活方式和习俗产生了深刻影响。伊斯兰文化同中国传统文化交流融合，成为各穆斯林民族文化不可分割的组成部分，并丰富了中华民族的历史文化宝库。

伊斯兰教适应了中国文化，也被中国文化所影响，如医学，武术等，均受到了中华文化的巨大影响，成为中华文化的组成部分。

伊斯兰教徒的宗教信仰基本为伊斯兰教教义中的六个基本信条。这六个信条是：

第一，信安拉。相信安拉是宇宙万物的创造者、恩养者和唯一的主宰，是全能全知、大仁大慈、无形象、无所在又无所不在、不生育也不被生、无始无终、永生自存、独一无二的。

第二，信天，相信天使是安拉用光创造的一种妙体，人眼无法看见。天使只受安拉的驱使，只接受安拉的命令。它们各司其职，但并无神性，只可承信它们的存在，不能膜拜。天使数目很多，最著名的为四大天使，其中尤以吉卜利勒地位最高。

第三，信经。相信《古兰经》是安拉的语言，是通过穆罕默德降示的最后一部经典。

第四，信知。相信自人祖阿丹以来，安拉曾派遣过许多传布阿拉之道的使者和先知。穆罕默德是最后一个先知，也是最伟大的先知。

第五，信定。相信人的命运由真主所定制。但是人们不可获知自己的命运与未来。发生过的即是命运，未发生的即是未知。

第六，信后。相信人都要经历生和后世，终有一天，世界一切生命都会停止，进行总清算，即世界末日的来临。届时所有的人都将复活，接受阿拉的裁判，行善者进天堂，作恶者下火狱。

除了这五条主要信条外，各个教派又有自己的特殊信条，最主要的是五功。

五功是穆斯林的五项宗教功课，是每个教徒都应遵守的最基本的宗教义务，亦称五大天命。

五功具体为以下五者：

一为念功，就是要念诵清真言，这是穆斯林对自己信仰的表白。阿拉伯语称为舍哈德（意为作证），其内容是用阿拉伯语念诵：「我作证：除阿拉外，再没有神，穆罕默德是阿拉的使者。」只要接受这一证言，并当众背诵，就可以成为正式的穆斯林。

二为礼功，即作礼拜。一般认为这是接近真主的门路和阶梯。穆斯林教徒要履行每日五次的时礼，每周一次的聚礼，宗教节日的会礼。每日五次的时礼，第一次称晨礼，在拂晓举行；第二次称晌礼，在中午1时至3时举行；第三次称晡礼，在下午4时至日落前举行；第四次称昏礼，在日落后或太阳的白光消逝前举行；第五次称宵礼，在入夜至拂晓前进行。聚礼又称主麻日礼拜，是集体的公共祈祷，一般在星期五举行。会礼则在每年的开斋节和古尔邦节举行。礼拜的前提条件是身体清洁，礼拜前必须按规定作大净或小净。

三为斋功，即斋戒。伊斯兰教历的九月为斋月，在斋月期间，教徒要斋戒一月，每天从日出前到日落要止饮禁食，以清心寡欲，专事真主。

四为课功，又称天谭制度。穆斯林个人财产达到一定数量时，就应交纳一种名为天课的宗教税。教义认为，穷人是真主的眷属，把资财施舍给穷人，就等于纳入真主之库，故名为天课。

五为朝功，就是到麦加朝觐天房—克尔白圣殿。伊斯兰教规定，每个穆斯林，只要身体健康、经济条件许可、旅途平安，一生中至少要到麦加朝觐一次。凡去朝觐过的，即被尊称为哈知。

中国伊斯兰教协会是中国各民族穆斯林的全国性宗教团体。会址设于北京。于1952年7月，由穆斯林知名人士包尔汉·沙希迪、刘格平、赛福鼎·艾则孜、杨静仁、达浦生、马坚、庞士谦、马玉槐等在北京发起筹备,翌年5月11日成立中国伊斯兰教协会（以下简称协会）。这是中国历史上第一个空前统一的全国性伊斯兰教组织，它的成立标志着实现了中国各族穆斯林的大团结，为党和政府与各族穆斯林之间架起了沟通的桥梁。

协助政府宣传贯彻中国的宗教信仰自由政策，代表全国各民族穆斯林的合法权益，发挥桥梁纽带作用；高举爱国主义旗帜，发扬伊斯兰教的基本精神和优良传统；独立自主自办教务；举办各项伊斯兰事业；积极引导伊斯兰教与社会主义社会相适应；拥护中国共产党的领导和社会主义制度；在邓小平理论和“三个代表”重要思想指引下，坚持科学发展观，推动各民族穆斯林积极参加社会主义物质文明、政治文明和精神文明建设，为构建和谐社会和实现全面建设小康社会的奋斗目标而努力；维护宗教和睦，遵守社会道德规范；加强民族团结，维护社会稳定，促进并维护祖国统一，维护世界和平。

（一）在宪法、法律、法规和政策规定的范围内开展伊斯兰教务活动；

（二）对穆斯林群众关心的宗教问题，依据经训精神作出符合社会发展要求的解释。

（三）举办伊斯兰教教育，培养伊斯兰教教职人才；

（四）发掘、整理伊斯兰教的优良历史文化遗产，开展伊斯兰学术文化研究，编译、出版经籍书刊；

（五）建立、健全伊斯兰教内部的各项管理规章制度；

（六）指导各地伊斯兰教协会的教务工作，交流经验；

（七）促进各地伊斯兰教协会和清真寺兴办利国利民、服务社会的公益和自养事业；

（八）负责组织全国各民族穆斯林赴圣地麦加履行朝觐功课；

（九）开展同各国穆斯林和伊斯兰教组织的友好往来，增进交流与合作。

教务部、国际部、朝觐工作办公室、研究部、编辑部和办公室等业务机构。随着形势的发展，协会的工作有了新的拓展。1996年在北京召开的“全国伊协秘书长联席会议”，突出强调了加强伊协组织自身建设，努力使伊斯兰教与社会主义社会相适应的问题。并发起开展创建模范清真寺活动。1998年召开的六届三次常委会议就如何办好伊斯兰教经学院，加紧培养跨世纪伊斯兰教专门人才等有关伊斯兰教育的问题进行了认真的研究和讨论，并形成了一致的意见。协会定期召开全国《古兰经》朗诵比赛和卧尔兹演讲比赛，由全国各地清真寺推选选手前来北京参赛。比赛中的优秀者被推选参加在沙特、埃及、马来西亚等国举行的国际《古兰经》诵读比赛。协会通过这两项赛事推动了中国伊斯兰教务和文化事业的发展，加强了与世界各国穆斯林的文化交流。 　协会为了加强同全国各族穆斯林的联系，指导各地伊协的教务工作，与全国各省、市、自治区、自治州、县的伊斯兰教协会建立了广泛的联系。协会经常派工作人员到各地了解情况，帮助他们解决一些与穆斯林宗教生活相关的问题。据统计，全国各地伊斯兰教协会有500多个，工作人员逾万人，他们坚持全心全意为穆斯林服务的宗旨，积极热情地开展工作。2006年5月，中国伊斯兰教第八次全国代表会议在北京召开。会议号召，全国伊斯兰教界人士和各族穆斯林要紧密团结在以胡锦涛同志为总书记的党中央周围，高举邓小平理论和“三个代表”重要思想的伟大旗帜，坚持科学发展观，爱国爱教，与时俱进，共建和谐社会，谋求两世吉庆，为中国伊斯兰教事业的健康发展，为全面建设小康社会和构建和谐社会，为“十一五”规划的顺利实施，为实现中华民族的伟大复兴及各族穆斯林的团结进步而努力奋斗。

中国伊斯兰教经学院是协会主办的全国最高伊斯兰学府，创立于1955年，担负着培养新一代伊玛目和伊斯兰教专门人才的重任。学院开设大学本科班、大专班和阿訇进修班。该院设有大型图书馆，是全国唯一的伊斯兰专业图书馆，它藏有各种版本和手抄本的伊斯兰经典及有关哲学社会科学方面的书籍。 　随着形势的发展，协会的工作有了新的拓展。1996年在北京召开的“全国伊协会长秘书长联席会议”，由全国各地清真寺推选赛手前来北京参赛。